計算化学や分子モデリングの分野では、スコアリング関数 (scoring functions) は、ドッキングした2つの分子の分子間における結合親和性を概算するために使用される数学的な関数である。最も一般的には、分子の1つは薬剤のような低分子有機化合物で、2つ目はタンパク質受容体のような薬剤の生物学...

分子モデリングの分野では、ドッキング（英: Docking）は、安定なタンパク質複合体を形成するために互いに結合したときに、ある分子の第2の分子に対する好ましい配向を予測する方法である。好ましい配向の知識を使用すれば、例えばスコアリング関数を使用して、2つの分子間の会合の強さや結合親和性を予測することができる。...

ング解析がいくつか開発されており、エンリッチメント(富化)の向上と効率的な候補のマイニングが可能となっている。 コンセンサス・スコアリング 複数のスコアリング関数の投票による候補の選択 タンパク質-リガンド構造情報とスコアリング基準の関係を失う可能性がある クラスタ解析...

2との主な違いとして以下のようなものがある。 陽溶媒としての水分子を考慮したドッキングの実装 バッチモードがデフォルトで実装され、バーチャルスクリーニングのように多数のリガンドを用いたドッキングシミュレーションが容易になった AutoDock4.2のスコアリング関数を選択できる（AutoGridで生成したグリッド...

分子モデリングの文脈における力場（りきば、英: force field）は、粒子の系（通常分子および原子）のポテンシャルエネルギーを記述するために用いられる関数の式および媒介変数を意味する。力場関数および媒介変数（パラメータ）セットは、実験ならびに高レベルの量子力学計算に由来する。「全原子」力場は...

スコアリングできる正確なエネルギー関数が必要である。しかし同時に、これらのエネルギー関数は、タンパク質設計における計算上の課題を考慮しなければならない。設計を成功させるための最も困難な要件の1つは、計算機計算上の正確さと単純さを兼ね備えたエネルギー関数である。 最も正確なエネルギー関数...

示す。プロファイルはターゲット配列に沿って移動され、動的計画法アルゴリズムによって最良のスコアリング領域を見つだす。マッチング時のギャップは許容されており、このケースにはアミノ酸がマッチしなかった場合の負のスコアであるギャップペナルティが含まれる。配列プロファイルは、隠れマルコフモデルで表すこともでき、プロファイルHMMと呼ばれる。...

分子モデリングの分野では、ドッキング (docking)とは、ある分子が他の分子に対して安定した複合体 (英語版) で結合したときに、優先的な配向を予測する方法である。タンパク質ドッキングの場合、探索空間はリガンドに対するタンパク質のすべての可能な配向で構成される。加えて、柔軟なドッキング...

る最終ステップとして、高解像度リファインメントが用いられることもある。スコアリング関数には大きく分けて2種類のクラスがある。物理ベースの関数は、分子間相互作用の既知の物理学的側面を記述する数学モデルに基づいている。知識ベースの関数は、天然タンパク質のコンフォメーションの特徴の側面を捉えた統計モデルで形成される。...

(情報科学) 深層学習・機械学習に関連する数学、物理学 線形代数 線形変換 行列 微積分 確率的勾配降下法 シグモイド関数 ReLU関数 統計学 確率分布 最小二乗法 ベイズの定理 イジングモデル ユークリッド距離 コサイン類似度 写像の微分 情報幾何学(統計多様体) 特異値分解 Hodgkin-Huxley方程式...

ホモロジーモデリング（英語版） 折り畳み認識 (タンパク質スレッディングとも呼ばれる。スレッディングは予測方法であるため、これは正しくない) de novo 構造予測は、多くの方法が評価や、スコアリングや、または人工ニューラルネットワークなどの天然タンパク質の構造に関する知識によって偏りのある関数...

全ての属性を変化させる「宣誓」などのルールがあり、極めて複雑な内容になっている。プレイヤーの実力が拮抗するほど複雑さが増し、加えて時間が経つ程に指数関数的に難度が上がる。 終焉の書 紀元前一万年以上前に書かれた神性古文書。まだ言語が成立していない時代のものにもかかわらず、同時期に書かれたと思しき英語...

タンパク質スレッディングは、問い合わせ配列の信頼できるホモログが見つからない場合に使用でる。この方法は、まず、問い合わせ配列とテンプレート構造のライブラリを入手することから始まる。次に、問い合わせ配列を既知のテンプレート構造上にスレッド化する。これらの候補モデルは、スコアリング関数を用いてスコアリング...

マンスの差異の40〜50%を説明し、多くのテストに基づく複合スコア（「IQスコア」）は、しばしば個人のg因子の位置づけの推定値とみなされる。IQ、一般知能、一般認知能力、一般精神能力、単に「知能」という用語は、認知テストに共通するこのコアを指すためによく同義的に使用される。しかし、g因子自体は、認...