• 蛋白质结构预测(英語:Protein structure prediction)是指从蛋白质的氨基酸序列中预测蛋白质的三维结构。也就是说,从蛋白質一級結構预测它的折叠和二级、三级、四级结构结构预测蛋白质设计(英语:Protein design)的反问题有着根本的不同。蛋白质结构预测...
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  • 蛋白二维晶体。 近年来,随着结构基因组学的兴起,大量的蛋白质结构获得了测定,为研究蛋白质的作用机理提供了重要的结构信息。 测定蛋白质序列比测定蛋白质结构容易得多,而蛋白质结构可以给出比序列多得多的关于其功能机制的信息。因此,许多方法被用于从序列预测结构。 二级结构预测 三级结构预测...
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  • 蛋白质 蛋白质(英語:protein)旧称“朊”,常简称“蛋白”,是大型生物分子,或高分子,它由一个或多个由α-氨基酸残基组成的长链条组成。α-氨基酸分子呈线性排列,相邻α-氨基酸残基的羧基和氨基通过肽键连接在一起,最後經過折疊形成有功能的立體結構蛋白质的α-氨基酸序列是由对应基因所编码。除了遗传...
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  • 蛋白质结构域(英語:protein domain)是蛋白质多肽链中具有特异结构和独立功能的区域,能自稳定,独立于其他区域折叠,其构成蛋白质三级结构的基本单元。 每个结构域形成一个紧凑的折叠三维结构。许多蛋白质由几个结构域组成,而一个结构域可能出现在各种不同的蛋白质中。有些球形蛋白...
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  • 蛋白质结构预测技术的关键测试(Critical Assessment of protein Structure Prediction,CASP)是自1994年以来每两年进行一次的全球范围内的蛋白质结构预测竞赛,目的是更好预测和破解蛋白质三维结构。CASP为參賽者提供了一个测试其研發的蛋白质结构预测方法的机会。...
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  • 蛋白质结构预测、基因表达、蛋白质反应的预测,以及建立进化模型。 生物学技术往往生成大量的嘈杂数据。与数据挖掘类似,生物信息学利用数学工具从大量数据中提取有用的生物学信息。生物信息学所要处理的典型问题包括:重新組裝在霰弹枪定序法测序过程中被打散的DNA序列,从蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质结构...
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  • Rosetta@home (category 蛋白質結構)
    Rosetta@home是一个基于伯克利开放式网络计算平台(BOINC)的分布式计算项目,由华盛顿大学贝克实验室开发和维护,用于蛋白质结构预测蛋白质-蛋白质对接和新的蛋白质设计(英语:Protein design)的研究。截至2015年2月12日,全球共有5万多台计算机是这一项目的活跃志愿者,平均每秒浮點運算次數达87万亿(87...
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  • 蛋白质(英语:Protein design)和预测其三维结构的方法。他是霍华德·休斯医学研究所研究员、华盛顿大学亨丽埃塔和奥布里·戴维斯生物化学教授,华盛顿大学基因组学、生物工程、化学工程、计算机科学和物理学副教授。贝克​等人研发的人工智能程序现在在很大程度上解决了蛋白质结构预测...
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  • 蛋白质一级结构(protein primary structure)是肽或蛋白质中氨基酸的线性序列,即氨基酸序列(amino acid sequence)。按照惯例,蛋白质的一级结构被报道从氨基末端(N)端到羧基末端(C)端。蛋白质生物合成最通常由细胞中的核糖体进行。肽也可以在实验室中合成。蛋白质...
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  • 约翰·江珀 (category 蛋白质组学)
    团队开发出人工智能模型AlphaFold,通过蛋白质的氨基酸序列预测他们的结构,精准度较高。该团队计划公开1亿种蛋白质结构。2024年,江珀因预测蛋白质折叠获得诺贝尔化学奖。 江珀于2017年获得芝加哥大学哲學博士,其博士论文研究使用机器学习模拟蛋白质折叠及动力学,导师为托宾·R·索斯尼克(Tobin...
    10 KB (586 words) - 07:54, 11 October 2024
  • Structure Prediction,直譯:蛋白質結構預測的關鍵評估)的排名中第一。該程序特別成功地預測了被競賽組織者評為最困難的目標的最準確結構,其中沒有來自具有部分相似序列的蛋白質的現有模板結構蛋白质通过卷曲折叠會构成三维结构蛋白质的功能正由其結構決定。了解蛋白質結構...
    60 KB (6,399 words) - 00:06, 13 February 2025
  • 它们能否通过诱导突变而结合? 蛋白质-蛋白质对接最终被设想能够解决所有这些问题。此外,由于对接方法可以基于纯粹的物理原理,甚至未知功能(或研究相对较少)的蛋白质也可以进行对接。唯一的先决条件是它们的分子结构已经被实验确定,或者可以通过蛋白质结构预测技术估计。 蛋白质...
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  • 结构常用的实验手段包括: 谱法 X射线晶体学 蛋白质核磁共振光谱法(英语:Nuclear magnetic resonance spectroscopy of proteins)(NMR) 电子自旋共振 (EPR) 蛋白酶解 低温电子显微镜 原子力显微镜 小角散射(英语:Small-angle...
    5 KB (783 words) - 13:05, 19 December 2024
  • Academy of Sciences at Home),是一个由中国科学院高能物理研究所主导的分布式计算项目。目前研究的项目有SCThread(蛋白质结构预测)。 存档副本. [2011-04-28]. (原始内容存档于2011-07-07).  CAS@home 主页(页面存档备份,存于互联网档案馆)...
    2 KB (79 words) - 12:59, 1 August 2023
  • 未解決的化學問題:是否有可能僅透過序列和環境資訊預測多肽序列的二級、三級和四級結構?还有逆蛋白质折叠問題:是否有可能設計一種多肽,在特定環境條件下使它采用给定的結構蛋白质折叠(英語:Protein folding)是蛋白质获得其功能性结构和构象的物理过程。通过这一物理过程,蛋白质从无规则卷曲折叠成特定的功能性三维结构...
    12 KB (1,813 words) - 02:42, 18 September 2023
  • Foldit (category 蛋白质结构)
    蛋白酶的晶體結構。科學家們一直研究愛滋病的逆转录酶的晶體結構,這是一個已有十五年之久未解決的科學問題,這種蛋白質酶是愛滋病毒在活體細胞中複製和繁殖自己的重要關鍵,但在游戏中逆转录酶的結構在十天内被玩家們破解。 电子游戏主题 生物学主题 蛋白质折叠 蛋白质结构预测 John Markoff...
    6 KB (584 words) - 10:33, 12 May 2022
  • Predictor@Home 是一个通过研究蛋白质序列来预测蛋白质结构的分布式计算项目。项目主要用于对第六届 CASP(Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction)大会上提出的蛋白质结构新算法的准确性进行评估。...
    1 KB (153 words) - 14:32, 8 February 2021
  • 德米斯·哈萨比斯爵士,CBE,FREng,FRSA(英語:Sir Demis Hassabis,1976年7月27日—),英国人工智能研究者、电子游戏设计者。 2024年,他因蛋白质結構预测領域的貢獻获得诺贝尔化学奖。 哈萨比斯出身於北倫敦,父亲为希腊裔塞浦路斯人,母亲为新加坡华裔。年幼的哈萨比斯是位国际象棋神童,在13岁便已经获...
    6 KB (359 words) - 16:09, 12 October 2024
  • ChIP-on-chip Chip-Sequencing DamID 微型热迁移 氢-氘交换 质谱法 分子动力学 蛋白质结构预测 蛋白质测序 蛋白质结构比对 蛋白质本体论 蛋白质合成 蛋白质组学 肽质量指纹图谱 Protein Methods, 2nd Edition by Daniel M. Bollag...
    2 KB (219 words) - 08:17, 11 October 2021
  • 接触序 (category 蛋白質結構)
    蛋白质的接触序(contact order,CO)是蛋白质天然状态三级结构中氨基酸间接触位置的量度。它计算方法为折叠蛋白质中形成天然接触的残基之间的平均序列距离除以蛋白质的总长度。较高的接触序表示较长的折叠时间, 并且低接触阶数已被建议作为潜在下坡折叠或在没有自由能垒的情况下发生的蛋白质折叠的预测...
    4 KB (666 words) - 17:40, 1 November 2023
  • 蛋白的产物,且AlphaFold已经预测了人类蛋白质组中大多数异构体的结构,并在isoform.io (页面存档备份,存于互联网档案馆)上公开发布。翻译异构体的特异性取决于蛋白质结构或功能,以及产生它们的细胞类型和发育阶段。当蛋白质具有多个亚基且每个亚基都具有多个异构体时,确定特异性就变得更加复杂。...
    16 KB (2,348 words) - 16:22, 4 December 2024
  • 結構基因組學所測定的蛋白質結構通常是功能未知的蛋白質。這令科學家創立了結構生物信息學,利用三維結構信息來预测蛋白質功能。結構基因組學重視快速、高通量(high throughput)的蛋白質結構測定,而同步辐射装置是实现这一目标的重要实验装置之一。 蛋白质结构启动计划(英语:Protein...
    7 KB (905 words) - 23:24, 28 October 2021
  • 算法MuZero。 2016年,DeepMind開始利用人工智能研究蛋白质折叠,蛋白質結構是生物科学重要且棘手的課題。 2018年12月,DeepMind研發的AlphaFold通过成功预测43种蛋白质中的25种最准确的结构,赢得了第 3 蛋白质结构预测技术关键评估(CASP)。“这是一个灯塔项目,我们第一次...
    25 KB (1,991 words) - 23:08, 12 February 2025
  • 預測,因為所使用的方法會忽視一些β股段。整體上而言,最高的預測準確性只可以達90%,因DSSP的標準方法的性質,與校準的預測相違背。 準確的二級結構預測是三級結構預測的重要原素。例如一個確定的βαββαβ二級結構模式,就是鐵氧化還原蛋白的記號。 核酸亦有二級結構...
    16 KB (2,290 words) - 03:00, 11 February 2025
  • 结构模体(英語:structural motif)也称结构基序,是链样生物分子(如蛋白质或核酸)中普遍存在且具有特征性的局部三维结构(超二级结构)单元模式。结构模体常为某种功能決定部位,可出现在各种不同的、演化上不相关的链样分子中。结构模体使得我们无法预测蛋白的生物学功能:不同蛋白质或酶中的相同模体可能存在较大功能差异。...
    3 KB (357 words) - 08:37, 9 November 2021
  • Folding–Phase 2(人類蛋白質組摺疊 – 第二階段)是第一阶段的延续,於2006年6月23日啟動。这个项目的两个主要目标是:1. 获得特定人类蛋白质和病原体蛋白质更为精细的结构,2. 通过进一步开发 Rosetta 软件结构预测功能,进一步提高蛋白质结构预测的准确性。因此,该项目将並行完成两个非常重要的任务...
    21 KB (2,892 words) - 13:19, 18 September 2023
  • 预测人类基因组中有约800个基因(约占整个基因组中编码蛋白质的部分的4%)会编码G蛋白偶联受体超家族的成员蛋白。 这些G蛋白偶联受体可以被大致划分为六个类型,分属其中的G蛋白偶联受体的基因序列之间没有显著的同源关系。 A 类(或 第一类)(视紫红样受体(英语:Rhodopsin-like...
    56 KB (8,269 words) - 02:03, 2 September 2024
  • 转录因子 (category 蛋白质家族)
    helix(WH)、ETS等。 此外还存在着由于不具备DNA结合结构域而未分类的转录因子未被分类,但这些蛋白质在转录调控中存在着关键作用。共活化剂、染色再构成复合物(Chromatin Structure Remodeling; RSC)、组蛋白乙酰转移酶、磷酸化酶和甲基化酶就属于这一类。...
    16 KB (2,715 words) - 02:30, 28 October 2024
  • 利文索尔佯谬 (category 蛋白质结构)
    “悖论”是大多数小蛋白质在毫秒或甚至微秒时间尺度上同时折叠。这种悖论的解决方案已经通过蛋白质结构预测的计算方法建立。 此佯谬表明蛋白质折叠遵循特异性途径,或者其过程中只尝试有限数目的构象。 蛋白质结构预测 蛋白质折叠 分子伴侣 安芬森法则(英语:Anfinsen's dogma) Levinthal...
    3 KB (376 words) - 10:16, 12 March 2023
  • 分子生物学中,“羅塞塔”是一系列人工改造过的大肠杆菌菌系,菌中添加了稀有密码子对应的tRNA,适合于表达非大肠杆菌蛋白质。 Rosetta@home:一个基于伯克利开放式网络计算平台(BOINC)的分布式计算项目,用于蛋白质结构预测蛋白质-蛋白质对接和蛋白质设计的研究。 数字罗塞塔石碑(DRS):由庆应义塾大学、京都大学、夏普公司联合研發的一種高密度資料儲存媒體。...
    2 KB (302 words) - 06:36, 23 May 2023
  • 结构分子和酶功能,同时还是蛋白質翻译的结构和功能元件;蛋白質,细胞中的主要的结构分子和酶分子。 分子生物學中最基本的技术是蛋白質的表达和纯化。首先是编码目的蛋白的DNA序列被克隆(用PCR技术和限制性内切酶)到作为表达载体的粒中。随后构建好的粒被引入到宿主细胞。编码序列在...
    17 KB (2,510 words) - 02:44, 9 June 2024