タンパク質立体構造分類データベース（タンパクしつりったいこうぞうデータベース、英: Structural Classification of Proteins (SCOP) database）は、タンパク質の構造ドメインを、その構造とアミノ酸配列の類似性に基づいて、主に手作業で分類...

蛋白質構造データバンク（たんぱくしつこうぞうデータバンク、PDB: Protein Data Bank）は、蛋白質（タンパク質）、核酸、糖鎖など生体高分子の3次元構造の原子座標（立体配座）を蓄積している国際的な公共のデータベースである。PDBに蓄積されている構造データ...

立体構造が特定できるようになり、鍵穴の仕組みの手がかりが入手できるようになった。 すなわち、酵素であるタンパク質の立体構造にはさまざまな大きさや形状のくぼみが存在し、それはタンパク質の一次配列（アミノ酸の配列順序）に応じて決定されている。前述の鍵穴はまさにタンパク質立体構造...

タンパク質構造（タンパクしつこうぞう、英: protein structure）では、タンパク質の構造について記す。タンパク質は全ての生物が持つ、重要な生体高分子の1つである。タンパク質は炭素、水素、窒素、リン、酸素、硫黄の原子から構成された、残基と言われるアミノ酸のポリマーである。ポリペプチドと...

タンパク質構造予測 （たんぱくしつこうぞうよそく、英: protein structure prediction） は、タンパク質についてそのアミノ酸配列をもとに3次元構造（立体配座）を推定することであり、バイオインフォマティクスおよび計算化学における研究分野の一つである。専門的な言葉では「タンパ...

タンパク質の細胞内位置に関するデータベースや予測ツールといったリソースが構築されている。 Hi-CやChIA-PETなどのハイスループット染色体コンフォメーションキャプチャー実験からのデータは、DNA遺伝子座の空間的近接性、すなわち核内で安定的に構造化されている立体的な折りたたみ構造...

タンパク質フォールディング (英語: Protein folding) とは、タンパク質鎖がその本来の三次元構造、通常は生物学的に機能するコンホメーション(立体構造)を、迅速かつ再現性のある方法で獲得する物理的なプロセスである。これは、ポリペプチドがランダムコイルからその特徴的で機能的な三次元構造...

タンパク質が合成される。22種類のアミノ酸のうち、20種類は遺伝子コードに含まれているが、残り2種類（セレノシステインおよびピロリシン）は特殊な方法でタンパク質に組み込まれる。 タンパク質の物理的性質および機能は、そのアミノ酸配列（一次構造）だけでなく、立体構造（高次構造...

生体内に存在する最も複雑な高分子機械 翻訳後修飾 - タンパク質の生合成の後に起こる一般的には酵素による修飾 タンパク質動力学（英語版） - タンパク質の立体構造やその状態間の遷移を扱う学問領域 核酸の三次構造 - 核酸ポリマーの三次元的な形状 翻訳 (生物学) - 細胞質または小胞体でリボソームがタンパク質を合成する過程 ゆらぎ塩基対...

には相互作用により分子間回転は制限され、高分子が取り得る立体構造は制限されている。高分子の構造が決定されている例としてはタンパク質や核酸の四次構造である。 溶液中の高分子の立体構造は刻々と変化し、見掛け上、高分子は運動している。これは、熱運動する溶媒分子との衝突による。高分子のこの運動をミクロブラウン運動という。...

構造変換してステロイドホルモンへ変換しそれによって立体構造を決定している。 立体構造を最終的に決定したのはE・J・コーリーである。彼の天然物合成の研究方法に基づき、ほとんど立体構造が分からない状態から天然物の生成経路ならびに中間体の立体配座と反応機構からステロイド骨格の生成反応が立体特異的に進行することを見出した。...

コラーゲンタンパク質のペプチド鎖を構成するアミノ酸残基は、"―（グリシン）―（アミノ酸X）―（アミノ酸Y）―" と、グリシン残基が3残基ごとに繰り返す一次構造を有する。この配列は、コラーゲン様配列と呼ばれ、コラーゲンタンパク質の特徴である。例えば、I型コラーゲンでは、この...

転写因子は複数の機能領域から構成されるため、その構造解析は簡単ではない。しかし、実際にDNAに結合する部分であるDNA結合領域に基づく解析・分類は比較的進んでいる。以下に、代表的なDNA結合領域の分類を示す。 ホメオドメイン（homeodomain） ショウジョウバエの身体構造...

新たな方法論として、蓄積したデータに基づいてコンピュータ上に仮想システムを構築することで構造を理解したり、そのパラメータを変化させるシミュレーションにより実験の代わりとするシステム生物学も登場している。 20世紀半ばの分子生物学の台頭以降、その周辺分野では、一つの遺伝子・タンパク質...

DNAと結合する構造タンパク質は、非特異的DNA-タンパク質相互作用の例としてよく理解されている。染色体内でDNAは構造タンパク質と複合体を形成して保持されている。これらのタンパク質はDNAをクロマチン（染色質）と呼ばれる緻密な構造に組織化する。真核生物では、この構造はヒストンという小さな塩基性タンパク質...

ースと大くの幅広い特徴を共有しているが、詳細な分類が大きく異なる領域も多くある。 実験的に決定されたタンパク質の立体構造を蛋白質構造データバンク（PDB）から取得され、必要に応じて連続するポリペプチド鎖に分割する。これらの鎖の中にあるタンパク質...

Schultz らによりRNAがタンパク質合成に関与しているという説が提唱された。その後 Hubert Chantrenne はRNAがリボソームに対してタンパク質情報を伝達するという役割があることを解明した。1964年にはロバート・W・ホリーが出芽酵母の tRNA の配列と構造...

構造的性質ではなく、溶解度による定義であるため、脂質に分類される化合物は多岐にわたる。無極性溶媒は通常炭化水素で、これに可溶な脂肪酸、ワックス（蝋）、ステロール、一部のビタミン、アシルグリセロール、リン脂質などが一般に脂質として分類...

などを創案する分野である。薬学とも密接なかかわりがある。生物学との境界分野は生物有機化学と呼ばれる。有機化合物の構造と性質の関係を研究する分野は有機構造論、特に立体構造に着目する領域は立体化学に分けられる。天然には存在しない物質を合成して繊維や高分子材料を製造するための研究は有機工業化学と呼ばれる。...

タンパク質あるいは単純タンパク質である。熱に対して極めて高い安定性を示すが、浸透圧に対しては極めて感受性が高く、多くのS層は純水で菌体を洗浄すると細胞壁の構造が解ける。 S-レイヤーは1本のペプチドの先から4本のペプチドが放射状に出ている立体構造...

paratope）と呼ばれる。エピトープは通常、非自己タンパク質であるが、（自己免疫疾患のように）認識できる宿主由来のゲノム配列もエピトープである。 タンパク質抗原のエピトープは、その構造やパラトープとの相互作用によって、配座エピトープ（英語版）と線状エピトープ（英語版）の2つに分類...

タンパク質はDNAに結合し、その周辺のクロマチン構造を変化させる。NAP-1がヒストンをDNAに貼り付け、ACFがそれを移動させて一定間隔にする。 細菌ではHUタンパクがDNAと結合し核様体を形成するがクロマチン構造はとらない。 一方多くの古細菌はヒストンを持ち、DNAが巻きついてクロマチン様構造をとっている。...

タンパク質とは配列相同性のない79残基のタンパク質を設計した。1990年代に入り、強力なコンピューター、アミノ酸立体構造のライブラリ（英語版）、そして主に分子動力学シミュレーションのために開発された力場の出現により、構造ベースの計算機タンパク質...

し、さらにリボソームにおいてmRNA配列に従ってタンパク質に翻訳される。転写機構は真核生物のRNAポリメラーゼIIによる転写機構とよく似ていて、立体構造も酷似する。リボソームは3つのRNAと70種弱のタンパク質より成り、RNAはやや細菌に、タンパク質は真核生物に近い。翻訳開始アミノ酸はメチオニンで...

タンパク質や脂質と共有結合で化合したものは複合糖質と呼ばれる。 糖の誘導体 構成炭素数でも分類される。 トリオース C3 テトロース C4 ペントース C5 ヘキソース C6 これらが持つ塩基により、アルデヒド基を持つアルドースと、ケトン基を持つケトースに分類...

する。こうして閉鎖型から開放型へと複合体が移行する。開放型複合体でのDNAや各タンパク質の相互作用も立体的に解析された。-10ボックスがβとβ‘サブユニットの間で融解するが、これはβ’舵型構造によって維持される。この構造はβ’サブユニットの表面から隣接するβサブユニットに向けて、また分離した2つの...

構造の側鎖が –H で不斉炭素を持たないため、生体を構成する α-アミノ酸の中では唯一、 D-, L- の立体異性体が無い。非極性側鎖アミノ酸に分類される。 多くの種類のタンパク質ではグリシンはわずかしか含まれていないが、ゼラチンやエラスチンといった、動物性タンパク質...

多くのグリコシルトランスフェラーゼは1回膜貫通タンパク質で、通常ゴルジ体の膜に固定されている。 グリコシルトランスフェラーゼは、転移過程によって供与体のアノマー構造の立体化学が保持されるか（α→α）反転するか（α→β）によって、保持型（retaining）と反転型（inverting）の酵素へと分類...

触媒は目的の反応によって多くの種類が開発されている。状態での分類としては、溶液に溶かして用いる均一系触媒（homogeneous catalyst）と、固相のままで用いる不均一系触媒（heterogeneous -）に分類される。例えば、洗剤に配合されているタンパク質を分解するための酵素は前者、過酸化水素を酸素と...

膜融合（あらゆる生体膜） 膜タンパク質の品質管理 ミオシンアクチン系に代表されるATPアーゼである。ATP加水分解によるコンフォメーションの変化を受けることを特徴とする。タンパク質にATPが結合することによってタンパク質の立体構造に変化が起こり、その構造変化を利用して実際にタンパク質（ひいては細胞を）を「稼動」させることに関係している。...

AB型はバンド3 とバンド4.5タンパクの赤血球膜外構造である糖鎖構造が抗原になっている。 また、物質輸送には関わらないが、赤血球膜上には膜貫通タンパク質であるグリコホリンが100万個ほど存在する。赤血球膜上ではバンド3についで多いタンパク質であるが、グリコホリンの細胞質側は膜骨格に連...