تميّزت العلاقات المشتركة بأنها ذات تاريخ مشترك منذ التاريخ القديم حيث كانت الدولتان أرضاً واحدة في فترات كثيرة منذ عصر الدولة الحديثة الفرعونية حتى القرن التاسع عشر مع بدء انهيار وتفكك الدولة العثمانية. آخر مظاهر الوحدة بين البلدين تجلّت في اتحاد الدولتين في دولة واحدة باسم الجمهورية العربية المتحدة عام 1958 برئاسة جمال عبد الناصر؛ وتفككت هذه الوحدة من جانب سوريا عام 1961. حتى تولى الرئيس أنور السادات الحكم في مصر وحافظ الأسد في سوريا بالشراكة مع ليبيا برئاسة معمر القذافي عام 1971 ثم أعلن قيام اتحاد الجمهوريات العربية، وهو اتحاد يحفظ لكل دولة شخصيتها الاعتبارية ونظامها الداخلي، ولكن انهارت هذه الوحدة للاختلاف في بنود الوحدة بجانب اتخاذ مصر طريق مفاوضات السلام مع إسرائيل.
أعلن الرئيس المصري محمد مرسي مساء السبت 15 يونيو2013 قطع العلاقات الدبلوماسية مع سوريا وإغلاق سفارتها في القاهرة. وقال مرسي في كلمة ألقاها في مؤتمر «لنصرة سوريا» أن مصر «قررت قطع العلاقات تماما مع النظام الحالي في سوريا وإغلاق سفارة النظام الحالي في مصر وسحب القائم بالأعمال المصري» في دمشق.[1] لكن بعد أسبوعين فقط، عزل مرسي من منصبه إبان إنقلاب عسكري قاده الفريق أول عبد الفتاح السيسي، الحدث الذي باركه بشار الأسد معتبرا ما يجري في مصر تجسيد لـ«سقوط ما يسمى الإسلام السياسي» حسب قوله.[2]
يصف الموقع الرسمي للهيئة العامة للاستعلامات التابع لرئاسة الجمهورية المصرية العلاقات «الحالية» بين سوريا ومصر بأنها «علاقات سياسية متميزة علي كافة الأصعدة وفي مختلف القضايا». كما تحاشى الموقع ذكر عملية قطع العلاقات الدبلوماسية في عهد الرئيس الراحل محمد مرسي.[3]