FC Nouadhibou wurde 1999 gegründet, zu einer Zeit, in der die sportlichen Möglichkeiten in Nouadhibou schlecht waren. Der Verein wurde von Ahmed Ould Abderrahmane Yahya mit dem Ziel, den Verein zu einer festen Größe im nationalen und auf lange Sicht auch im kontinentalen Fußball zu etablieren, gegründet. Der Verein entwickelte sich schnell zu einem der erfolgreichsten Vereine in Mauretanien, bereits 2001 konnte der erste Meistertitel gefeiert werden, weitere vier folgten 2002, 2011, 2013 und 2014. FC Nouadhibou ist in Mauretanien der wahrscheinlich am besten organisierte Verein, er verfügt über viele Einrichtungen wie zum Beispiel Schwimmbäder, Trainingsräume und moderne Ausbildungszentren.