Bild | Name des Sees | Gemeinde(n) | Zufluss | Abfluss | Fläche in km² | Höhe über Meer | Maximale Tiefe in Meter | Koordinaten |
| Aaltewäier | Thayngen | | | 0,008 | 429 m ü. M. | | !547.7376005508.6924805694049 / 28819747.73768.69248429 |
| Bettenweiher | Wilchingen | | | 0,0004 | 437 m ü. M. | | !547.6666205508.4720905677623 / 28006547.666628.47209437 |
| Bruedersee | Thayngen | | | 0,004 | 511 m ü. M. | | !547.7619705508.7066605695069 / 29092447.761978.70666511 |
| Dörflinger Seeli | Dörflingen | | | 0,002 | 474 m ü. M. | | !547.7143205508.7291205696840 / 28565447.714328.72912474 |
| Egelsee | Stein am Rhein | | | 0,003 | 419 m ü. M. | | !547.6524505508.8500105706034 / 27893147.652458.85001419 |
| Egelsee | Thayngen | | | 0,005 | 440 m ü. M. | | !547.7519905508.6966905694339 / 28980247.751998.69669440 |
| Engeweiher Ängiwäier | Schaffhausen | | | 0,019 | 544 m ü. M. | | !547.7022305508.6073005687719 / 28416647.702238.6073544 |
| Eschheimer Weiher | Schaffhausen | | | 0,0033 | 553 m ü. M. | | !547.7064605508.5975905686984 / 28462647.706468.59759553 |
| Hallauweiher | Hallau | | | 0,0007 | 439 m ü. M. | | !547.6984505508.4554605676329 / 28358747.698458.45546439 |
| Haslemer Weier | Wilchingen | | | 0,006 | 422 m ü. M. | | !547.6735605508.4687405677362 / 28083347.673568.46874422 |
| Herblinger Weiher | Schaffhausen | Chrebsbach | | 0,016 | 420 m ü. M. | | !547.7273605508.6707705692439 / 28703347.727368.67077420 |
| Iiswäier | Neuhausen am Rheinfall | | | 0,0005 | 452 m ü. M. | | !547.6909605508.6078205687777 / 28291447.690968.60782452 |
| Lochgrabenweiher Lochgrabewäier Weiher Lochgraben | Hallau | | | 0,004 | 466 m ü. M. | | !547.6928605508.4171705673462 / 28292947.692868.41717466 |
| Löwensteinweiher | Neuhausen am Rheinfall | | | 0,0002 | 443 m ü. M. | | !547.6912105508.6194005688646 / 28295547.691218.6194443 |
| Morgetshofsee | Thayngen | | | 0,026 | 468 m ü. M. | | !547.7289205508.7011705694717 / 28724347.728928.70117468 |
| Müliweier | Beringen | | | 0,0009 | 476 m ü. M. | | !547.7047005508.5720205685067 / 28440247.70478.57202476 |
| Nägelsee | Schaffhausen | | | 0,003 | 447 m ü. M. | | !547.6964005508.6636005691955 / 28358247.69648.6636447 |
| Oberer Müliweier | Stein am Rhein | Obermülibach | Obermülibach | 0,006 | 438 m ü. M. | | !547.6657105508.8718905707651 / 28043547.665718.87189438 |
| Roetiweiher | Hallau | | | 0,001 | 567 m ü. M. | | !547.7056805508.4477505675739 / 28438447.705688.44775567 |
| Rudolfersee | Thayngen | | | 0,001 | 461 m ü. M. | | !547.7229305508.7053205695039 / 28658247.722938.70532461 |
| Unterer Müliweier | Stein am Rhein | Obermülibach | Obermülibach | 0,001 | 423 m ü. M. | | !547.6629405508.8683605707392 / 28012347.662948.86836423 |
| Untersee (Teil des Bodensees) | Stein am Rhein | Seerhein, Radolfzeller Aach | Rhein | 63 | 395 m ü. M. | 45 | !547.6859005509.0227005718931 / 28289847.68599.0227395 |
| Wangentalweiher | Wilchingen | | | 0,007 | 421 m ü. M. | | !547.6475205508.5161005680958 / 27798547.647528.5161421 |
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