El club fue fundado en 1997, con el nombre de Dinamo Bakú tras la fusión del Gartal-95 con el PA Činar (equipo que esa misma temporada había ascendido a la primera división de Azerbaiyán). Su primera temporada fue, pues, en la máxima categoría, logrando el subcampeonato por detrás del FK Kapaz Gandja.
En 2004 el club cambió su nombre al actual. La temporada 2004-05 conquistó su primer título, la Copa de Azerbaiyán, lo que le permitió debutar en competición europea, siendo eliminado en la primera ronda clasificatoria de la Copa de la UEFA por el FC Argeş Piteştirumano.
La temporada 2005-06 conquistó la liga, tras una lucha codo a codo con el FK Karvan. El FK Baku consiguió desbancar al Karvan del liderato y alzarse con su primer título liguero gracias a una racha final de ocho partidos invicto e imbatido, rematada con una victoria en la última jornada en el campo del rival ciudadano, el Inter.[1] Ello le permitió debutar la temporada 2006-07 en la Liga de Campeones, donde fue superado en la ronda previa por el representante de Georgia, el FC Sioni Bolnisi.
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