Originaire d'Empoli, Fillippo Magli réside à Montelupo Fiorentino. Son père est poissonnier et sa mère travaille en tant que femme de ménage. Il commence le cyclisme vers l'âge de sept ans, lorsqu'il prend une licence au Velo Club Empoli. Son petit frère Lorenzo pratique également ce sport en compétition[1],[2].
En 2016, il termine notamment deuxième du Gran Premio dell'Arno et sixième du Tour du Valromey. Sélectionné en équipe d'Italie, il se classe cinquième d'une étape de la Course de la Paix juniors et quinzième de Paris-Roubaix juniors. Il intègre ensuite le club Mastromarco-Sensi-FC Nibali, où il court durant cinq saisons. Durant cette période, il s'illustre principalement chez les amateurs italiens en obtenant trois victoires et diverses places d'honneur.