Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 1998-1999 è stato l'ottavo organizzato in Italia . Rappresenta il sesto livello del calcio italiano.
Questo è il campionato regionale della regione Molise .
Ubicazione delle squadre dell'Eccellenza Molise 1998-1999
Pos. Squadra Pt G V N P GF GS DR 1. U.S. Bojano, Bojano 69 30 22 3 5 64 17 +47 2. U.S. Venafro, Venafro 67 30 21 4 5 53 24 +29 3. U.S. San Giorgio Collathia, Chieuti 65 30 19 8 3 61 18 +43 4. Pol. Adriatica Petacciato, Petacciato 58 30 16 10 4 58 27 +31 5. U.S. Termoli, Termoli 49 30 13 10 7 47 30 +17 6. A.S. Atletico Trivento, Trivento 48 30 14 6 10 36 23 +13 7. S.S. Frenter Larino, Larino 39 30 10 9 11 24 26 -2 8. Pol. Polesiana, Campobasso 38 30 9 11 10 25 26 -1 9. U.S. Turris Santa Croce, S.Croce di Magliano (*) 37 30 9 10 11 46 62 -16 10. Pol. Olimpia Agnonese, Agnone 34 30 8 10 12 26 30 -4 11. S.S.C. Sancta Juxta Palata, Palata 29 30 6 11 13 29 40 -11 12. S.S. Sesto Campano, Sesto Campano 29 30 8 5 17 27 51 -24 13. U.S. Montenero Calcio, Montenero di Bisaccia 28 30 7 7 16 23 45 -22 14. U.S. San Martino in Pensilis, S.Martino in Pensilis 24 30 5 9 16 21 44 -23 15. A.C. San Giuliano di Puglia, S.Giuliano di Puglia 22 30 5 7 18 23 64 -41 16. Pol. Bonefro, Bonefro 19 30 3 10 17 22 58 -36
(*) A fine stagione Turris Santa Croce rinuncia al campionato di Eccellenza 1999-2000. Si iscrive in Prima Categoria.