L'AS Trenčín è stato fondato nel 1992 con il nome di TJ Ozeta Dukla Trenčín e iniziò a giocare in terza divisione, concludendo la prima stagione una posizione dietro i concittadini del TTS Trenčín; al termine della stagione le due squadre si fusero. Dal 1997 al 2008 l'AS Trenčín ha sempre giocato nella massima serie nazionale, tornandoci successivamente dalla stagione 2011-2012, diventando una delle squadre di punta del campionato. Nelle stagioni 2014-2015 e 2015-2016 ha conquistato il double, vincendo sia la Superliga che la coppa nazionale. L'AS Trenčín ha partecipato anche 4 volte alla Coppa Intertoto (1998, 1999, 2000 e 2002).
La squadra, inoltre, sfiora una storica qualificazione in UEFA Europa League 2018-2019. Gli slovacchi partono dal primo turno preliminare: eliminano prima i montenegrini del Budućnost, anche se fermati in casa da un pareggio, in seguito vincono entrambi i match contro i polacchi del Górnik Zabrze, trionfando 4-1 in casa, e poi a grande sorpresa riescono nell'impresa storica di battere una delle favorite di quei preliminari, il Feyenoord. Gli slovacchi riescono addirittura ad imporsi 4-0 tra le mura amiche, risultato che permette loro di affrontare il ritorno in Olanda con tranquillità (terminato 1-1). L’ultimo ostacolo prima dei gironi è l'AEK Larnaca, ma i ciprioti smorzano l’entusiasmo della compagine slovacca con un 3-0 pesante.
Il club conclude la stagione di campionato 2018-2019 al penultimo posto, giocandosi quindi lo spareggio contro il Poprad, giunto secondo nella divisione inferiore; nonostante un 2-0 subito all’andata, il 1º giugno 2019 la squadra riesce a ribaltare il risultato, vincendo per 4-1, mantenendo, così, la permanenza nella massima serie.
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