A 18 anni viene prelevato dallo Slavia Praga, dove in 2 stagioni colleziona 6 presenze senza gol. Nel 1996 va al FK Lounovice dove non scende mai in campo; dal 1997 al 1999 gioca nel FK SIAD Most totalizzando 59 presenze e 21 gol. Nel 1999 è prelevato dallo Slovan Liberec dove gioca fino al 2002 vincendo uno scudetto e la classifica capocannonieri, quando passa in Bundesliga con l'Hannover 96. Nel 2003 viene ceduto in prestito allo Sparta Praga, ma nel 2004 torna all'Hannover in Germania dove rimane sino al 2010 per fare ritorno allo Slovan Liberec. Dopo 10 anni, nella stagione 2011-2012, Štajner riporta lo Slovan alla vittoria del campionato ceco segnando 15 reti e raggiungendo il terzo posto nella classifica marcatori dietro a Marek Bakoš e David Lafata.
Il 12 febbraio 2002 ha esordito con la Repubblica Ceca nell'amichevole vinta 2-0 contro l'Ungheria rilevando al 46' Milan Baroš.[2] L'11 giugno 2003 segna la sua prima rete in Nazionale nel successo per 5-0 contro la Moldavia.[3] Successivamente ha segnato altre 3 reti in amichevoli (contro Italia, Turchia e Serbia),[4][5][6] oltre ad avere disputato i Mondiali 2006.[7] Ha giocato in totale 37 gare in Nazionale, l'ultima di queste in amichevole il 29 febbraio 2012 contro l'Irlanda.[8]