La prima squadra della città di Tours fu fondata nel 1921 con il nome di AS Docks du Centre. Trent'anni più tardi cambiò la denominazione in Tours FC e cominciò a vincere i primi campionati dilettantistici delle divisioni distrettuali.
Raggiunse per la prima volta nella storia la Seconda Divisione nel 1974. Dopo sei campionati consecutivi nella serie cadetta, il Tours approdò nella massima serie francese disputando quattro stagioni (dalla 1980-1981 alla 1984-1985) nella Ligue 1. Furono gli anni d’oro per il Tours che approdò per ben due volte alle semifinali della Coppa di Francia dove fu eliminato entrambe le volte dal PSG.
Retrocesso nel 1985 in Ligue 2, il Tours FC riuscirà a stabilizzarvisi in modo da restare sempre nell'ambito del calcio professionistico fino al 1993. Nel dicembre 1993, a causa di una cattiva gestione finanziaria, la società era oberata dai debiti e ne fu dichiarato il fallimento con conseguente doppia retrocessione a tavolino. La società venne rifondata e si trasformò nella nuova denominazione di FC Tours disputando tornei di terza serie. Nel 2002-2003 sfiorò il ritorno in Ligue 2, quindi accadde un nuovo fallimento.
Nel 2003 l'arrivo alla presidenza di Frédéric Sebag fu la svolta. Con pazienza e programmazione triennale la nuova società riuscì a riportare il Tours in Ligue 2 nel maggio 2006.
La stagione successiva arrivò il ritorno in terza serie. In seguito a questa retrocessione fu rivisto l'organigramma societario e si ebbe la nomina di Max Marty come direttore sportivo e Frédéric Sebag come direttore generale. La rosa dei calciatori fu interamente rinnovata con l'arrivo di 23 atleti e fu scelto come allenatore Daniel Sanchez. La stagione 2007-2008 rivide il nuovo ritorno del Tours in Ligue 2. Nel campionato successivo la squadra ottenne un lusinghiero sesto posto. Nelle due stagioni a seguire, la formazione di mister Sanchez ottenne delle salvezze tranquille classificandosi all'11º e al 12º posto.
Dal 2011, a seguito dell'approdo di Daniel Sanchez sulla panchina del Valenciennes, il nuovo allenatore è Peter Zeidler il quale, alla sua prima esperienza a Tours, ha ottenuto nel 2011-2012 il sesto posto. Dopo 5 stagioni tranquille senza grosse ambizioni, il Tours si piazza all’ultimo posto nella Ligue 2 2017-2018, conquistando solo 23 punti e decretando, quindi, il ritorno nella terza divisione francese.