Fernández begon zijn carrière bij River Plate en in 2009 verhuisde hij in navolging van zijn landgenoot Gonzalo Bergessio naar het Franse Saint-Étienne.[1] Op 9 juli 2010 verkaste hij na slechts elf wedstrijden terug naar zijn vaderland, naar Vélez Sarsfield, waar hij voor drie jaar tekende.[2][3] Op 9 augustus 2012 ging hij opnieuw spelen in Europa, toen hij een verbintenis voor vier jaar ondertekende bij Celta de Vigo in Spanje.[4] In januari 2016 verhuisde hij naar Atlético Madrid, waar hij een contract van drieënhalf jaar tekende.[5] In januari 2018 maakte Fernández de overstap naar Beijing Renhe.[6]Cádiz haalde Fernández terug naar Spanje in de zomer van 2020.[7] Een jaar later liep zijn verbintenis af en besloot de Argentijn op vijfendertigjarige leeftijd een punt te zetten achter zijn actieve loopbaan.[8]
Fernández maakte zijn debuut in het Argentijns voetbalelftal op 15 september 2011, toen er met 2–1 gewonnen werd van Brazilië. De vleugelaanvaller mocht in de basis beginnen en werd drie minuten voor tijd gewisseld.[9] Zijn enige doelpunt maakte hij op 15 juni 2013 tegen Guatemala.