In 2004 hing Baggio zijn voetbalschoenen aan de wilgen. In totaal speelde hij 346 competitiewedstrijden en maakte daarin 25 doelpunten. Zijn meeste wedstrijden speelde hij bij Parma. Voor deze club scoorde hij 19 competitiedoelpunten in 152 wedstrijden. Zijn totale carrière heeft een duur gehad van vijftien jaar. Baggio debuteerde op zijn negentiende bij Torino.