Meira is een verdediger en speelde zijn eerste interland op 11 oktober2001 tegen Nederland, net als Manuel Albino. Hij maakte deel uit van de selectie voor het WK voetbal 2006 en verving de geblesseerde Andrade. Hij speelde in totaal 53 interlands (twee goals).
Fernando Meira werd voor de wedstrijd Galatasaray - Hertha BSC verkocht aan Zenit Sint-Petersburg voor een bedrag van € 6.000.000,-[1]. Hij stapte midden in de Turkse competitie over; dat kwam doordat in Rusland de transferperiode nog doorging. Hij verliet Galatasaray in een moeilijke periode, terwijl enkele verdedigers geblesseerd waren en er geen andere mogelijkheid was dan jong talent op te stellen. Galatasaray gaf echter toe dat het een goede deal was voor de beide clubs en Meira.