Het WTA-tennistoernooi van Japan (officieel Japan Women's Open) van 2016 vond plaats van 12 tot en met 18 september 2016 in de Japanse hoofdstad Tokio. Het was de 42e editie van het Japan Open, een van de twee vrouwentoernooien die onderdeel waren van het tennistoernooi van Tokio 2016. Er werd gespeeld op hardcourtbanen in de open lucht.
Titelverdedigster Yanina Wickmayer was het tweede reekshoofd. Zij strandde al in de eerste ronde.
Ook de als eerste geplaatste Misaki Doi verloor haar openingspartij.
Het zevende reekshoofd, Christina McHale uit de Verenigde Staten, won het toernooi. Zij versloeg in de finale de ongeplaatste Tsjechische Kateřina Siniaková in drie sets. McHale wist voor het eerst in haar carrière een WTA-enkelspeltoernooi op haar naam te schrijven.
Titelhoudsters Chan Hao-ching en Chan Yung-jan hadden zich niet voor deze editie van het toernooi ingeschreven.
De als eerste geplaatste Xu Yifan en Zheng Saisai werden meteen in de eerste ronde uitgeschakeld door de latere winnaressen.
Het ongeplaatste Japanse duo Shuko Aoyama en Makoto Ninomiya won het toernooi. Zij versloegen in de op zaterdag 17 september gespeelde finale het eveneens ongeplaatste Britse koppel Jocelyn Rae en Anna Smith in twee sets. Het was hun eerste gezamenlijke titel. Aoyama had daarnaast al vijf eerdere dubbelspeltitels met andere partners; Ninomiya geen.
De Nederlandse Demi Schuurs, met Renata Voráčová uit Tsjechië aan haar zijde, bereikte de tweede ronde. Daarin verloren zij van de later winnaressen.