Un total de 30 de echipe din 22 de federații afiliate EHF a luat parte în Liga Campionilor 2009-10. Fiecare națiune a primit un număr de locuri conform cu clasarea în 2008. Primele 24 de națiuni au participat în competiție cu campioanele naționale (Islanda nu a fost înregistrată ca echipă). Națiunile clasate pe locurile 1-7 au primit câte un loc suplimentar, la fel și Federația Daneză, din care făcea parte deținătoarea trofeului, Viborg HK. Deoarece această echipă s-a calificat oricum în 2009 după ce a câștigat Campionatul Danemarcei, wild card-ul care îi fusese atribuit de EHF a fost acordat lui FCK Håndbold.[2]
Pe 19 iunie 2009, campioana MacedonieiKometal s-a retras din turneu din cauza unor probleme financiare.[3] În consecință, EHF a promovat campioana FranțeiMetz Handball din Turneul de Calificare 2 direct în Faza Grupelor, iar campioana GrecieiOrmi Patras din Turneul de Calificare 1 în Turneul de Calificare 2.[3]
Un total de 18 echipe a luat parte la turneele de calificare. Tragerea la sorți a avut loc pe 18 iunie 2009, în Viena, Austria.[4] Drepturile de organizare a turneelor de calificare au fost decise tot de această tragere la sorți.[4]
Șase echipe au fost împărțite în două grupe de câte trei echipe. Cele două învinse ale Turneului de calificare 1 au intrat în Runda a 2-a a Cupei EHF. Echipele clasate pe primele două locuri în cele două grupe au avansat în Turneul de calificare 2. Grupa A a fost organizată de LC Brühl Handball în St. Gallen, Elveția, în timp ce Grupa B a fost găzduită de Milli Piyango în Ankara, Turcia.[5]
Brühl și Milli Piyango au câștigat grupele pe care le-au organizat. Cele două câștigătoare, împreună cu cluburile HC Sassari și VOC Amsterdam, clasate pe locurile 2, au jucat apoi în Turneul de calificare 2. Echipele de pe ultimul loc, Vrnjačka Banja și Madeira, au fost eliminate din cursa de calificare în Liga Campionilor și retrogradate în Cupa EHF.
16 echipe au fost împărțite în patru grupe de câte patru echipe. Cele 12 învinse ale Turneului de calificare 2 au retrogradat în Runda a 3-a a Cupei EHF. Echipele clasate pe primul loc în fiecare grupă au avansat în Faza grupelor a Ligii Campionilor 2009-10. Byåsen IL, Zvezda Zvenigorod, FCK Håndbold și Aalborg DH s-au calificat după ce au câștigat toate cele trei meciuri din grupele lor, Aalborg fiind singura echipă organizatoare care a avansat în faza următoare. Niciuna din cele patru echipe venite din Turneul de calificare 1 nu a câștigat vreun punct.
Tragerea la sorți a meciurilor din faza grupelor a avut loc pe 24 iunie 2009, la ora locală 19:00, ca parte a unui eveniment special organizat de EHF și intitulat Champions’ Draw, găzduit de Muzeul Liechtenstein din Viena, Austria.[7][8] 12 echipe, cărora li s-au alăturat alte patru venite din calificări, au fost implicate în acest proces, fiind împărțite în patru urne valorice de câte patru. Ele au fost trase la sorți în patru grupe de câte patru echipe, unde au jucat câte două meciuri una împotriva celeilalte, pe teren propriu și în deplasare, în total câte șase meciuri. Echipele clasate pe primele două locuri în fiecare grupă au avansat în cele două grupe principale. Echipele clasate pe locurile trei au retrogradat în Runda a 4-a a Cupei Cupelor EHF.
Tragerea la sorți a grupelor principale a avut loc pe 19 ianuarie 2010, la Linz, Austria.[9] Un total de 8 echipe au fost implicate în acest proces, fiind împărțite în două urne valorice de câte patru. Împărțirea echipelor în cele două urne s-a făcut pe baza rezultatelor din faza grupelor. Echipele care au terminat grupele pe primul loc au fost distribuite în Urna A, iar cele care au terminat grupele pe locul al doilea au fost distribuite în Urna B.
După tragerea la sorți, fiecare grupă principală a fost alcătuită din două echipe clasate pe locul întâi în faza grupelor, respectiv două echipe clasate pe locul al doilea, în așa fel încât echipele care s-au confruntat în aceeași grupă să nu se întâlnească în grupele principale. Echipele care s-au clasat pe primele două locuri în grupele principale au avansat în semifinale.
Semifinalele și finala s-au jucat în două manșe, câte un meci pe teren propriu și unul în deplasare. Larvik și Oltchim au primit avantajul de a juca meciul de pe teren propriu în returul semifinalelor, deoarece au câștigat grupele principale în care au evoluat.
După ce Viborg și Oltchim au câștigat semifinalele, Federația Europeană de Handbal a anunțat că tragerea la sorți pentru organizarea meciurilor din finală va avea loc pe 20 aprilie, în Viena.[10] În urma tragerii la sorți Viborg a organizat meciul tur, iar Oltchim meciul retur.[11] Pentru a respecta regulamentele EHF privind capacitatea arenelor, meciurile nu s-au jucat în sălile obișnuite ale celor două cluburi. Astfel, meciul tur s-a desfășurat pe 8 mai în Messecenter din Herning, iar meciul retur pe 15 mai în Sala Polivalentă din București.[12]
^ abÎn ultimele secunde ale meciului Hypo-Metz, antrenorul lui Hypo, Gunnar Prokop, a intrat intenționat pe teren și a oprit un contraatac al echipei franceze. Punctul obținut de Hypo Niederösterreich pe teren a fost anulat de Tribunalul de Arbitraj al EHF.[1]
French
Deutsch
Viborg HK 
Cristina Vărzaru
LC Brühl Handball 
HC Sassari 
ORK Vrnjačka Banja 
Milli Piyango SK 
VOC Amsterdam 
Madeira Andebol SAD 
Krim Ljubljana
Larvik HK 
Handball-Club Leipzig
Hypo Niederösterreich
Győri Audi ETO KC
Dinamo Volgograd 
Alexandra do Nascimento (BRA) 
Andrea Penezić (CRO)