Secvențierea shotgun

Secvențierea shotgun este o metodă de secvențiere ADN. Denumirea (în engleză shotgun sequencing, shotgun = pușcă de vânătoare) este o analogie la modelul aleatoriu de tragere al unei puști automate. Secvențierea Sanger poate fi aplicată numai pentru șiruri relativ scurte de nucleotide (până la 1000 de baze). Secvențele mai lungi sunt fragmentate, iar asamblarea acestora se face computerizat.

Secvențierea shotgun,^[1]^[2] presupune fragmentarea ADN-ului în numeroase segmente de mici dimensiuni, care sunt mai apoi secvențiate prin metoda Sanger și care produc citiri. Mai multe citiri suprapuse sunt obținute de-a lungul a mai multor ture de secvențiere. Programele bioinformatice asamblează citirile într-o secvență continuă.^[1]

Vezi si

Secvențierea Sanger

Secvențierea nanopore

Secvențiere în timp real a unei singure molecule

Secvențierea Ion Torrent

Referințe

^ ^a ^b Staden, R (1979). „A strategy of DNA sequencing employing computer programs”. Nucleic Acids Research. 6 (7): 2601–10. doi:10.1093/nar/6.7.2601. PMC 327874 . PMID 461197.
^ Anderson, S (1981). „Shotgun DNA sequencing using cloned DNase I-generated fragments”. Nucleic Acids Research. 9 (13): 3015–27. doi:10.1093/nar/9.13.3015. PMC 327328 . PMID 6269069.

[Staden-1] Staden, R (1979). „A strategy of DNA sequencing employing computer programs”. Nucleic Acids Research. 6 (7): 2601–10. doi:10.1093/nar/6.7.2601. PMC 327874 . PMID 461197.

[2] Anderson, S (1981). „Shotgun DNA sequencing using cloned DNase I-generated fragments”. Nucleic Acids Research. 9 (13): 3015–27. doi:10.1093/nar/9.13.3015. PMC 327328 . PMID 6269069.

[1]

[2]