Jokkmokks försvarsområde bildades den 1 oktober 1942 och var direkt underställd militärbefälhavaren för VI. militärområdet. Försvarsområdesstaben hade inledningsvis gemensam stab med Kiruna försvarsområde. Från den 1 juli 1961 fick staben istället gemensam stab med Bodens försvarsområde. Den 30 juni 1975 avvecklades Jokkmokks försvarsområde och uppgick den 1 juli 1975 i Bodens försvarsområde.[1]
När försvarsområdet bildades förlades staben till Hjalmar Lundbohmsgården på Ingenjörgatan 2 i Kiruna garnison. Från sommaren 1946 förlades staben till Lappgatan. Den 1 juli 1961 omlokaliserades till Bodens garnison där den samlokaliserades med staben för Bodens försvarsområde.[1]
Förbandschefen titulerades försvarsområdesbefälhavare och hade tjänstegraden överste. Åren 1942–1961 var chefen tillika chef för Kiruna försvarsområde och åren 1961–1975 chef för Bodens försvarsområde.