Zabaleta började sin karriär år 2002 i CA San Lorenzo de Almagro. Klubben hade värvat honom redan som 12-åring från den lokala klubben Obras Sanitarias.
Zabaleta flyttade till spanskaRCD Espanyol de Barcelona år 2005 för tre miljoner euro, efter att ha varit kapten för Argentinas U20-landslag i FIFA World Youth Championship 2005, vilket Argentina också vann.
Den 26 maj2017 skrev Zabaleta på ett tvåårskontrakt med engelskaWest Ham United.[1] Den 16 oktober 2020 meddelade Zabaleta att han avslutade sin fotbollskarriär.[2]