HDAC1 — Вікіпедія

HDAC1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	4BKX, 5ICN
Ідентифікатори
Символи	HDAC1, GON-10, HD1, RPD3, RPD3L1, histone deacetylase 1, KDAC1
Зовнішні ІД	OMIM: 601241 MGI: 108086 HomoloGene: 68426 GeneCards: HDAC1
Реагує на сполуку
	abexinostat, apicidin, belinostat, Масляна кислота, entinostat, givinostat, mocetinostat, panobinostat, pracinostat, quisinostat, resminostat, romidepsin, trichostatin A, Вальпроєва кислота, золінза, entinostat, cudc-101, cudc-907, tacedinaline
Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding; • NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific); • GO:0001106 transcription corepressor activity; • histone deacetylase activity; • protein N-terminus binding; • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity; • protein deacetylase activity; • histone deacetylase binding; • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding; • NF-kappaB binding; • deacetylase activity; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • nucleosomal DNA binding; • enzyme binding; • hydrolase activity; • core promoter sequence-specific DNA binding; • p53 binding; • transcription factor binding; • RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding; • DNA binding; • chromatin binding; • Krueppel-associated box domain binding; • E-box binding; • promoter-specific chromatin binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • NuRD complex; • гіалоплазма; • histone deacetylase complex; • Sin3 complex; • нуклеоплазма; • клітинне ядро; • Хроматин; • GO:0035328 Гетерохроматин; • transcription regulator complex; • transcription repressor complex; • GO:0009327 protein-containing complex; • soma; • Sin3-type complex;
Біологічний процес	• hair follicle placode formation; • epidermal cell differentiation; • ремоделювання хроматину; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • ритмічний процес; • negative regulation of androgen receptor signaling pathway; • embryonic digit morphogenesis; • negative regulation of apoptotic process; • зсідання крові; • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • eyelid development in camera-type eye; • circadian regulation of gene expression; • negative regulation of gene expression; • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated; • odontogenesis of dentin-containing tooth; • protein deacetylation; • histone H4 deacetylation; • fungiform papilla formation; • negative regulation of myotube differentiation; • GO:0022415 viral process; • histone deacetylation; • negative regulation of canonical Wnt signaling pathway; • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • transcription, DNA-templated; • regulation of signal transduction by p53 class mediator; • DNA methylation-dependent heterochromatin assembly; • beta-catenin-TCF complex assembly; • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization; • positive regulation of cell population proliferation; • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated; • histone H3 deacetylation; • regulation of megakaryocyte differentiation; • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II; • endoderm development; • циркадний ритм; • hippocampus development; • neuron differentiation; • negative regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling; • positive regulation of oligodendrocyte differentiation; • regulation of endopeptidase activity; • regulation of amyloid-beta clearance; • negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	3065
	433759
	ENSG00000116478
	ENSMUSG00000028800
	Q13547
	O09106
	NM_004964
	NM_008228
	NP_004955
	NP_032254
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

HDAC1 (англ. Histone deacetylase 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми^[4]. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 482 амінокислот, а молекулярна маса — 55 103^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAQTQGTRRK	VCYYYDGDVG	NYYYGQGHPM	KPHRIRMTHN	LLLNYGLYRK
MEIYRPHKAN	AEEMTKYHSD	DYIKFLRSIR	PDNMSEYSKQ	MQRFNVGEDC
PVFDGLFEFC	QLSTGGSVAS	AVKLNKQQTD	IAVNWAGGLH	HAKKSEASGF
CYVNDIVLAI	LELLKYHQRV	LYIDIDIHHG	DGVEEAFYTT	DRVMTVSFHK
YGEYFPGTGD	LRDIGAGKGK	YYAVNYPLRD	GIDDESYEAI	FKPVMSKVME
MFQPSAVVLQ	CGSDSLSGDR	LGCFNLTIKG	HAKCVEFVKS	FNLPMLMLGG
GGYTIRNVAR	CWTYETAVAL	DTEIPNELPY	NDYFEYFGPD	FKLHISPSNM
TNQNTNEYLE	KIKQRLFENL	RMLPHAPGVQ	MQAIPEDAIP	EESGDEDEDD
PDKRISICSS	DKRIACEEEF	SDSEEEGEGG	RKNSSNFKKA	KRVKTEDEKE
KDPEEKKEVT	EEEKTKEEKP	EAKGVKEEVK	LA

A: Аланін
 C: Цистеїн
 D: Аспарагінова кислота
 E: Глутамінова кислота
 F: Фенілаланін
 G: Гліцин
 H: Гістидин
 I: Ізолейцин
 K: Лізин
 L: Лейцин
 M: Метіонін
 N: Аспарагін
 P: Пролін
 Q: Глутамін
 R: Аргінін
 S: Серин
 T: Треонін
 V: Валін
 W: Триптофан
 
 Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, гідролаз, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах як взаємодія хазяїн-вірус, транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми. Локалізований у ядрі.

Література

Taunton J., Hassig C.A., Schreiber S.L. (1996). A mammalian histone deacetylase related to the yeast transcriptional regulator Rpd3p. Science. 272: 408—411. PMID 8602529 DOI:10.1126/science.272.5260.408
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Cai R.L., Yan-Neale Y., Cueto M.A., Xu H., Cohen D. (2000). HDAC1, a histone deacetylase, forms a complex with Hus1 and Rad9, two G2/M checkpoint Rad proteins. J. Biol. Chem. 275: 27909—27916. PMID 10846170 DOI:10.1074/jbc.M000168200
Wei L.-N., Hu X., Chandra D., Seto E., Farooqui M. (2000). Receptor-interacting protein 140 directly recruits histone deacetylases for gene silencing. J. Biol. Chem. 275: 40782—40787. PMID 11006275 DOI:10.1074/jbc.M004821200
Zhou X., Richon V.M., Rifkind R.A., Marks P.A. (2000). Identification of a transcriptional repressor related to the noncatalytic domain of histone deacetylases 4 and 5. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97: 1056—1061. PMID 10655483 DOI:10.1073/pnas.97.3.1056
Pflum M.K.H., Tong J.K., Lane W.S., Schreiber S.L. (2001). Histone deacetylase 1 phosphorylation promotes enzymatic activity and complex formation. J. Biol. Chem. 276: 47733—47741. PMID 11602581 DOI:10.1074/jbc.M105590200