吳元琪(?—?),廣西平樂縣人,清朝官員。
乾隆三十六年(1771年)辛卯恩科進士。乾隆五十二年(1787年)七月任臺灣府北路理番同知,同年九月十五日(1787年10月25日)調署臺灣府海防兼南路理番同知。