Мануел Нойер произлиза от футболната школа на Шалке 04, където играе до сезон 2010/2011.
От 1 юни 2011 година е обявено, че от новия сезон Нойер ще бъде състезател на германския гранд от Бавария – Байерн Мюнхен. Месец по-късно подписва 5-годишен договор с трансферна сума от 22 милиона евро, което го прави един от най-скъпите вратари в историята.
В периода август-октомври 2011 Нойер не допуска гол за повече от 12 мача през есента, а серията си завършва при 1147 минути без допуснат гол (19 часа и 7 минути) – с 36 минути повече от предишния рекорд, поставен от Оливер Кан.
Избран е за футболист на годината 2011 на Германия от списание „Кикер“.[1] В сегашно време Мануел е един от лидерите както в Байерн, така и в немския национален отбор.