در بازی رفت و به دنبال حملات گستردهٔ تیم ملوان، این تیم در دقیقه ۳۴ بازی پیش افتاد. اما با اخراج ابوالحسن جعفری درست سه دقیقه بعد از گل، این تیم پرسپولیس بود که بازی را در دست گرفت. در دقایق پایانی نیمه نخست پرسپولیس صاحب یک ضربه پنالتی شد که مازیار زارع توپ را به تیر دروازه زد. در نیمه دوم پرسپولیس از همان ابتدا بازی هجومی را در دستور خود قرار داد و توانست در همان ابتدا گل تساوی را بزند. فشار حملات پرسپولیس ادامه داشت تا در دقیقه ۶۳ به گل دوم دست یافت. بازی به سود پرسپولیس پیش میرفت که در دقیقه ۶۹ بازی ملوان توسط محمد نزهتی با یک ضربه سر زیبا و اشتباه دروازهبان پرسپولیس گل تساوی را زد. اما پرسپولیس عقب ننشست و بازی هجومی خود را ادامه داد تا در دقایق ۷۱ و ۸۶ توسط محمد نوری به گل رسید تا پرسپولیس بازی رفت را با نتیجه ۴–۲ پیروز شود. این بازی ۸ کارت زرد داشت و در آن داور ۲ بار با کارت قرمز بازیکنان ملوان را جریمه کرد و ۲ بار به نفع پرسپولیس پنالتی گرفت. از نکات مهم این دیدار میتوان به حضور نداشتن سرمربی ملوان، یعنی فرهاد پورغلامی بر روی نیمکت به علت اخراج در بازی با استقلال اشاره کرد.
در بازی برگشت که روز جمعه ۲۰ خرداد برگزار شد این تیم ملوان بود که آمده بود تا با پیروزی ۲–۰ قهرمان جام حذفی شود و تماشاگران ملوان نیز ورزشگاه را پر کرده بودند. تیم ملوان بازی را هجومی آغاز کرد و موفق شد در دقیقه ۱۹ توسط مهرداد اولادی به گل برسد. اما پرسپولیس برخلاف بازی قبل، در این بازی فقط دفاع کرد و توانست با این سبک بازی گلهای بیشتری دریافت نکند و به علت برد ۴–۳ در مجموع این تیم پرسپولیس بود که برای دومین سال پیاپی قهرمان جام حذفی شود و جواز حضور در لیگ قهرمانان آسیا ۲۰۱۲ را کسب کند. از نکات این بازی میتوان به استفاده گسترده مأموران نیروی انتظامی از گاز اشکآور و باتوم برای متفرق کردن و ضرب و شتم تماشاگران اشاره نمود. آنها برای آرام کردن هوادارن ملوان که به شدت به داوری در بازی رفت و برگشت معترض بودند وارد عمل شدند، که منجر به مجروح شدن تعداد زیادی از تماشاگران شد. جشن قهرمانی تنها در حضور چند تماشاگر و آن هم به صورت بسیار نامنظم انجام شد به گونهای که افراد متفرقه به راحتی درون زمین آمده بودند.