Fondato nel 1945 con il nome di Cesky SK Jablonec, ha cambiato varie volte denominazione, per assumere quella attuale di Fotbalový klub Baumit Jablonec nel 2015. Esordì nella massima serie cecoslovacca nella stagione 1974-1975 e vi rimase per due annate, prima della retrocessione del 1976.
Finalista della Coppa della Repubblica Ceca 2006-2007, si qualificò per le coppe europee (nello specifico la Coppa UEFA 2007-2008) dato che l'altra finalista, lo Sparta Praga si era qualificata per la UEFA Champions League vincendo il campionato.
Nel 2009-2010 si classificò secondo in campionato, miglior piazzamento nella storia del club, ad un solo punto dallo Sparta Praga campione. Qualificatosi dunque per la UEFA Europa League 2010-2011, lo Jablonec uscì contro i ciprioti dell'APOEL. Nel 2010-2011 giunse terzo in campionato e piazzò il proprio attaccante David Lafata al primo posto della classifica dei marcatori con 19 gol. Nella UEFA Europa League 2011-2012 eliminò gli albanesi del Flamurtari Valona, ma uscì contro gli olandesi dell'AZ Alkmaar. Con 25 gol nel campionato 2010-2011, Lafata si laureò ancora una volta capocannoniere del torneo, ma lo Jablonec giunse ottavo. Lafata segnò poi 13 gol in 16 presenze nella prima parte del campionato ceco 2012-2013, prima di passare allo Sparta Praga. Il 17 maggio 2013 vinse per la seconda volta la coppa nazionale battendo per 5-4 ai tiri di rigore il Mladá Boleslav, dopo lo 0-0 dei 90 minuti.
La squadra ha preso parte alla fase a gironi di UEFA Europa League 2018-2019, inserita nel raggruppamento K con Astana, Dinamo Kiev e Stade Rennes. Conclude il cammino al quarto posto con 5 punti, frutto di due pareggi ed una vittoria (avvenuta alla sesta giornata in casa degli ucraini, già sicuri del primato del girone).
Tabella aggiornata alla fine della stagione 2021-2022.
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