Squadre che disputavano i campionati regionali nella città erano presenti fin dagli anni cinquanta[1]. Nel 1984 fu stabilito che la Repubblica Socialista Sovietica Moldava poteva schierare tre squadre nella seconda divisione del campionato di calcio sovietico e venne quindi fondata la Zarea Bălți che disputò i campionati inferiori fino all'indipendenza della Moldavia senza peraltro raggiungere risultati eclatanti. L'allenatore era Ivan Danilianț, futuro allenatore della nazionale moldava[2].
Nel 1991 cambia nome in Olimpia Bălți e l'anno successivo partecipa al neonato campionato moldavo di calcio terminando al nono posto su dodici partecipanti[3]. Per tutti gli anni novanta disputa campionati di centro classifica con l'eccezione del 1994-95 quando termina terzo. Viene retrocesso in Divizia A nel 2000-2001 essendo arrivato ultimo. Nella seconda serie gioca 5 stagioni venendo promosso nel 2005-2006 pur arrivando terzo in classifica poiché ai primi due posti si erano classificate le seconde squadre dello Sheriff e dello Zimbru che non potevano essere promosse[4]. Nel 2009-10 eguaglia la propria miglior prestazione con un terzo posto che la qualifica per la prima volta alle coppe europee. L'esordio nelle competizioni internazionali è stato il 1º luglio 2010 nell'ambito della UEFA Europa League 2010-2011 dove il club ha disputato il primo turno preliminare nel quale è stato eliminato dagli azeri del Khazar per la regola dei gol fuori casa[5].
Nel 2019, a causa della mancanza di finanziamenti da parte dell'associazione pubblica che gestiva la società, il club è rimasto senza fondi, con un debito di oltre 1 milione di leu.[6] Per tale motivo, la società ha dichiarato bancarotta e al suo posto è stata creata una nuova società, denominata FC Bălți, che prosegue la tradizione sportiva dello Zaria e della città di Bălți.[7]
Il club gioca le proprie partite interne nello stadio municipale di Bălți (noto precedentemente come Stadio Olimpia Bălți), impianto dotato di 5.953 posti, dei quali 5.553 a sedere. Inaugurato nel 1954, è dotato di una pista per gare di atletica leggera.[1]
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