Nella stagione 1968-69 la Pro Patria ha disputato il girone A del campionato di Serie C, concluso al tredicesimo posto con 35 punti. Il campionato è stato vinto dal Piacenza con 55 punti che è tornato in Serie B, al secondo posto la Triestina con 49 punti. Retrocedono in Serie D la Cremonese che perde lo spareggio salvezza con il Marzotto di Valdagno, l'Asti ed il Rapallo.
Si continua il rapporto con Carlo Regalia che dalla panchina conduce nuovamente la truppa dei tigrotti. Lasciano Busto Arsizio alcune colonne biancoblù, quali Mario Manera, Camillo Baffi e Mario Ferraguti, mentre arriva dal Casale il mediano Luciano Bruno, vengono promossi in prima squadra tre giovani di belle speranze del vivaio bustocco, la mezz'ala Luciano Re Cecconi che tra alcuni anni vincerà uno scudetto con la Lazio, l'ala destra Alessandro Turini, ed il centravanti-ala sinistra Michele Solbiati che con 16 reti risulta il miglior marcatore stagionale dei tigrotti. L'avvio del campionato è discreto, ma poi alla lunga si paga la giovane età della squadra biancoblù e si naviga per tutto il torneo, dominato dal Piacenza, a centro classifica, senza però mai correre seri rischi di compromettere la stagione.
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