ここでは2016年における愛媛FCの試合結果などについて記載する。
注：選手の国籍表記はFIFAの定めた代表資格ルールに基づく。
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| 節 | 試合日 | 時刻 | ホーム | スコア | アウェイ | スタジアム | 入場者数 |
| 01 | 02/28(日) | 13:04 | 清水エスパルス | 0-0 | 愛媛FC | アイスタ | 15,453 |
| 02 | 03/06(日) | 15:04 | 愛媛FC | 1-1 | モンテディオ山形 | ニンスタ | 5,084 |
| 03 | 03/13(日) | 13:03 | 北海道コンサドーレ札幌 | 1-1 | 愛媛FC | 札幌ド | 20,012 |
| 04 | 03/20(日) | 16:04 | 愛媛FC | 0-3 | FC岐阜 | ニンスタ | 3,549 |
| 05 | 03/26(土) | 16:03 | 横浜FC | 0-0 | 愛媛FC | ニッパツ | 2,523 |
| 06 | 04/03(日) | 16:04 | 愛媛FC | 2-1 | ギラヴァンツ北九州 | ニンスタ | 2,514 |
| 07 | 04/09(土) | 15:03 | 水戸ホーリーホック | 1-2 | 愛媛FC | Ksスタ | 4,070 |
| 09 | 04/23(土) | 16:04 | 愛媛FC | 1-0 | カマタマーレ讃岐 | ニンスタ | 4,323 |
| 10 | 04/29(金) | 19:04 | 愛媛FC | 0-0 | 松本山雅FC | ニンスタ | 4,235 |
| 12 | 05/07(土) | 19:04 | 愛媛FC | 0-0 | セレッソ大阪 | ニンスタ | 7,740 |
| 13 | 05/15(日) | 16:04 | 愛媛FC | 0-1 | 京都サンガF.C. | ニンスタ | 3,841 |
| 08 | 05/18(水) | 19:03 | ツエーゲン金沢 | 2-1 | 愛媛FC | 石川西部 | 1,924 |
| 14 | 05/22(日) | 14:03 | ファジアーノ岡山 | 2-1 | 愛媛FC | Cスタ | 8,486 |
| 15 | 05/29(日) | 19:04 | 愛媛FC | 0-0 | 東京ヴェルディ | ニンスタ | 2,019 |
| 16 | 06/04(土) | 19:34 | ザスパクサツ群馬 | 1-2 | 愛媛FC | 正田スタ | 4,085 |
| 17 | 06/08(水) | 19:03 | レノファ山口FC | 1-1 | 愛媛FC | 維新公園 | 3,629 |
| 18 | 06/12(日) | 19:04 | 愛媛FC | 0-2 | 徳島ヴォルティス | ニンスタ | 4,460 |
| 19 | 06/19(日) | 18:03 | FC町田ゼルビア | 0-1 | 愛媛FC | 町田 | 3,481 |
| 20 | 06/26(日) | 19:04 | 愛媛FC | 0-1 | V・ファーレン長崎 | ニンスタ | 2,670 |
| 21 | 07/03(日) | 19:04 | 愛媛FC | 2-1 | ジェフユナイテッド千葉 | ニンスタ | 2,829 |
| 22 | 07/10(日) | 18:04 | カマタマーレ讃岐 | 1-1 | 愛媛FC | ピカスタ | 4,539 |
| 23 | 07/16(土) | 19:04 | 愛媛FC | 2-2 | 清水エスパルス | ニンスタ | 4,897 |
| 24 | 07/20(水) | 19:04 | 愛媛FC | 1-1 | レノファ山口FC | ニンスタ | 2,835 |
| 25 | 07/24(日) | 18:04 | 徳島ヴォルティス | 2-0 | 愛媛FC | 鳴門大塚 | 8,962 |
| 26 | 07/31(日) | 19:04 | 愛媛FC | 1-0 | ザスパクサツ群馬 | ニンスタ | 3,278 |
| 27 | 08/07(日) | 18:03 | ジェフユナイテッド千葉 | 0-0 | 愛媛FC | フクアリ | 8,295 |
| 28 | 08/11(木) | 19:04 | 愛媛FC | 1-1 | ファジアーノ岡山 | ニンスタ | 5,747 |
| 29 | 08/14(日) | 18:03 | ギラヴァンツ北九州 | 1-1 | 愛媛FC | 本城 | 1,958 |
| 30 | 08/21(日) | 18:03 | V・ファーレン長崎 | 1-1 | 愛媛FC | トラスタ | 4,850 |
| 11 | 08/31(水) | 19:03 | ロアッソ熊本 | 1-2 | 愛媛FC | うまスタ | 2,562 |
| 31 | 09/11(日) | 19:04 | 愛媛FC | 1-0 | ロアッソ熊本 | ニンスタ | 2,955 |
| 32 | 09/18(日) | 19:04 | FC岐阜 | 2-1 | 愛媛FC | 長良川 | 3,549 |
| 33 | 09/25(日) | 19:04 | 愛媛FC | 1-1 | 水戸ホーリーホック | ニンスタ | 2,342 |
| 34 | 10/02(日) | 19:04 | 愛媛FC | 3-0 | 横浜FC | ニンスタ | 8,215 |
| 35 | 10/08(土) | 14:04 | モンテディオ山形 | 2-2 | 愛媛FC | NDスタ | 3,189 |
| 36 | 10/16(日) | 19:04 | 愛媛FC | 2-2 | 北海道コンサドーレ札幌 | ニンスタ | 2,916 |
| 37 | 10/23(日) | 14:04 | 松本山雅FC | 1-1 | 愛媛FC | 松本 | 13,605 |
| 38 | 10/30(日) | 16:03 | 東京ヴェルディ | 1-1 | 愛媛FC | 味スタ | 6,931 |
| 39 | 11/03(木) | 14:04 | 愛媛FC | 3-1 | ツエーゲン金沢 | ニンスタ | 4,895 |
| 40 | 11/06(日) | 19:04 | セレッソ大阪 | 1-0 | 愛媛FC | 金鳥スタ | 8,714 |
| 41 | 11/12(土) | 14:04 | 京都サンガF.C. | 0-1 | 愛媛FC | 西京極 | 7,193 |
| 42 | 11/20(日) | 14:04 | 愛媛FC | 0-1 | FC町田ゼルビア | ニンスタ | 4,519 |
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