ここでは2016年におけるFC町田ゼルビアの試合結果などについて記載する。
注：選手の国籍表記はFIFAの定めた代表資格ルールに基づく。
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| 節 | 試合日 | 時刻 | ホーム | スコア | アウェイ | スタジアム | 入場者数 |
| 01 | 02/28(日) | 14:03 | FC町田ゼルビア | 0-1 | セレッソ大阪 | 町田 | 10,112 |
| 02 | 03/06(日) | 17:03 | FC町田ゼルビア | 1-1 | 京都サンガF.C. | 町田 | 3,805 |
| 03 | 03/13(日) | 16:04 | レノファ山口FC | 0-2 | FC町田ゼルビア | 維新公園 | 4,711 |
| 04 | 03/20(日) | 16:03 | FC町田ゼルビア | 2-1 | ツエーゲン金沢 | 町田 | 4,013 |
| 05 | 03/26(土) | 16:03 | 東京ヴェルディ | 0-1 | FC町田ゼルビア | 味スタ | 5,166 |
| 06 | 04/03(日) | 13:03 | FC町田ゼルビア | 2-0 | 北海道コンサドーレ札幌 | 町田 | 7,146 |
| 07 | 04/09(土) | 13:04 | モンテディオ山形 | 0-1 | FC町田ゼルビア | NDスタ | 5,320 |
| 08 | 04/17(日) | 16:03 | ジェフユナイテッド千葉 | 1-1 | FC町田ゼルビア | フクアリ | 7,986 |
| 09 | 04/23(土) | 13:03 | FC町田ゼルビア | 1-0 | V・ファーレン長崎 | 町田 | 4,431 |
| 10 | 04/29(金) | 14:04 | ファジアーノ岡山 | 2-2 | FC町田ゼルビア | Cスタ | 9,170 |
| 11 | 05/03(火) | 15:03 | FC町田ゼルビア | 1-1 | FC岐阜 | 町田 | 6,034 |
| 12 | 05/07(土) | 13:03 | カマタマーレ讃岐 | 0-1 | FC町田ゼルビア | ピカスタ | 2,739 |
| 13 | 05/15(日) | 16:03 | FC町田ゼルビア | 0-1 | ギラヴァンツ北九州 | 町田 | 4,722 |
| 14 | 05/22(日) | 13:03 | 松本山雅FC | 1-0 | FC町田ゼルビア | 松本 | 12,462 |
| 15 | 05/28(土) | 19:33 | ロアッソ熊本 | 0-2 | FC町田ゼルビア | ノエスタ | 2,509 |
| 16 | 06/04(土) | 16:03 | FC町田ゼルビア | 1-0 | 徳島ヴォルティス | 町田 | 4,021 |
| 17 | 06/08(水) | 19:03 | FC町田ゼルビア | 1-2 | 清水エスパルス | 町田 | 6,171 |
| 18 | 06/12(日) | 13:03 | 水戸ホーリーホック | 2-2 | FC町田ゼルビア | Ksスタ | 4,280 |
| 19 | 06/19(日) | 18:03 | FC町田ゼルビア | 0-1 | 愛媛FC | 町田 | 3,481 |
| 20 | 06/26(日) | 18:03 | 横浜FC | 1-0 | FC町田ゼルビア | ニッパツ | 6,871 |
| 21 | 07/03(日) | 19:34 | ザスパクサツ群馬 | 2-2 | FC町田ゼルビア | 正田スタ | 2,374 |
| 22 | 07/10(日) | 18:03 | FC町田ゼルビア | 2-1 | モンテディオ山形 | 町田 | 4,412 |
| 23 | 07/16(土) | 18:33 | FC町田ゼルビア | 2-3 | ジェフユナイテッド千葉 | 町田 | 6,412 |
| 24 | 07/20(水) | 19:04 | セレッソ大阪 | 1-3 | FC町田ゼルビア | 金鳥スタ | 9,323 |
| 25 | 07/24(日) | 19:03 | FC町田ゼルビア | 3-3 | 水戸ホーリーホック | 町田 | 3,448 |
| 26 | 07/31(日) | 18:03 | V・ファーレン長崎 | 1-0 | FC町田ゼルビア | 長崎県立 | 4,433 |
| 27 | 08/07(日) | 19:03 | FC町田ゼルビア | 2-3 | レノファ山口FC | 町田 | 4,107 |
| 28 | 08/11(木) | 19:04 | 徳島ヴォルティス | 1-1 | FC町田ゼルビア | 鳴門大塚 | 3,703 |
| 29 | 08/14(日) | 19:04 | 京都サンガF.C. | 1-0 | FC町田ゼルビア | 西京極 | 4,622 |
| 30 | 08/21(日) | 19:03 | FC町田ゼルビア | 0-0 | ザスパクサツ群馬 | 町田 | 3,679 |
| 31 | 09/11(日) | 18:05 | FC町田ゼルビア | 1-1 | 横浜FC | 町田 | 5,101 |
| 32 | 09/18(日) | 18:04 | ツエーゲン金沢 | 1-2 | FC町田ゼルビア | 石川西部 | 2,076 |
| 33 | 09/26(月) | 19:04 | 北海道コンサドーレ札幌 | 3-2 | FC町田ゼルビア | 札幌ド | 11,914 |
| 34 | 10/02(日) | 16:03 | FC町田ゼルビア | 2-1 | 東京ヴェルディ | 町田 | 5,016 |
| 35 | 10/08(土) | 15:04 | 清水エスパルス | 2-0 | FC町田ゼルビア | アイスタ | 10,607 |
| 36 | 10/16(日) | 16:03 | FC町田ゼルビア | 1-0 | ロアッソ熊本 | 町田 | 4,218 |
| 37 | 10/22(土) | 15:04 | FC岐阜 | 1-2 | FC町田ゼルビア | 長良川 | 4,674 |
| 38 | 10/30(日) | 15:03 | FC町田ゼルビア | 0-1 | カマタマーレ讃岐 | 町田 | 3,580 |
| 39 | 11/03(木) | 14:03 | FC町田ゼルビア | 1-1 | ファジアーノ岡山 | 町田 | 4,163 |
| 40 | 11/06(日) | 13:04 | ギラヴァンツ北九州 | 1-3 | FC町田ゼルビア | 本城 | 2,937 |
| 41 | 11/12(土) | 14:03 | FC町田ゼルビア | 2-1 | 松本山雅FC | 町田 | 9,519 |
| 42 | 11/20(日) | 14:04 | 愛媛FC | 0-1 | FC町田ゼルビア | ニンスタ | 4,519 |
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