Do seu primeiro casamento, Fernando III de Habsburgo tivera diversos filhos dos quais se destacam: Fernando Francisco (1633-1654), que reinará na Hungrie e Boêmia como Fernando IV, mas que morre prematuramente apenas com 21 anos, três anos antes do pai; o arquiduque Leopoldo (1640-1705), que se torna Imperador em 1657, como Leopoldo I; e Maria Ana (1635-1696), que vem a ser rainha de Espanha e mãe do último Habsburgo espanhol, Carlos II (1661-1700).
É do terceiro casamento que nasce Maria Ana Josefa. Os seus pais já anteriormente tinham tido duas filhas: Teresa Maria Josefa (1652-1653), e Leonor Maria Josefa (1653-1697). Esta segunda filha, próxima de Maria Ana Josefa, viria a tornar-se pelo primeiro casamento rainha da Polónia e, pelo segundo casamento, duquesa da Lorena.
Após Maria Ana Josefa, a mãe dera ainda à luz um filho, Fernando José Alois (1657-1658), nascido no ano da morte do pai, e que viria a falecer no ano seguinte.
Maria Ana Josefa tinha apenas três anos quando seu pai faleceu, e guardava poucas recordações do homem sombrio e neurótico, marcado pela desastrosa Guerra dos Trinta Anos, que devastara toda a Alemanha. Assim, ela cresce durante o reinado do seu meio irmão mais velho, Leopoldo I, educada por sua mãe, senhora bondosa, piedosa e muito culta. Poetisa de talento, ela foi, durante toda a sua vida, a alma e o dinamismo da vida cultural de Viena.
Em 1670, Maria Ana Josefa teve a grande tristeza de ver a sua querida irmã, Leonor, partir para Varsóvia, para casar com o rei da Polónia, Miguel I Wiśniowiecki (1640-1673), reconhecidamente alcoólico e impotente. Para felicidade das duas irmãs, Leonor fica rapidamente viúva, regressando para junto da família. Mas, cinco anos mais tarde, volta a casar desta vez por amor, com Carlos V, duque da Lorena e de Bar (1643-1690).
Para celebrar o matrimónio con a filha do imperador, o Eleitor Palatino cedeu, em 1679, ao noivo (seu filho e herdeiro) o título de duque de Jülich e Berg. A cerimónia foi celebrada pelo Arcebispo Leopoldo Carlos von Kollonitsch e, para comemorar o acontecimento, sua cunhada, a imperatriz Leonor mandou erigir uma coluna mariana na praça principal de Wiener Neustadt. Após o casamento , os noivos foram viver para Dusseldórfia, onde tinham uma luxuosa corte.
(em alemão) Constantin Wurzbach, Biographisches Lexikon des Kaisertums Österreich (Dicionário Biográfico do Império da Áustria), Viena, 1861, Vol. VII, p. 29 (versão online)
(em alemão) Harm Klueting, Wolfgang Schmale: Das Reich und seine Territorialstaaten im 17. und 18. Jahrhundert”, Vol. 10, LIT Verlag, Münster, 2004, Pag. 69
Maria Antónia, Eleitora da Baviera·Arquiduquesa Maria Ana·Arquiduquesa Cristina·Maria Isabel da Áustria (1680)·Arquiduquesa Maria Isabel·Maria Ana, Rainha de Portugal·Arquiduquesa Maria Teresa da Áustria (1684)·Arquiduquesa Maria Teresa·Arquiduquesa Maria Josefa·Maria Madalena de Áustria·Arquiduquesa Maria Madalena·Arquiduquesa Maria Margarida
Isabel Maria, Princesa de Windisch-Graetz·Helena, Duquesa Filipe de Württemberg**·Rosa, Duquesa Württemberg**·Arquiduquesa Dolores**·Maria Imaculada, Nobile Inigo Neri Sereneri**·Margarida, Marquesa Taliani di Marchio**·Princesa Maria Antónia, Sra. Luis Pérez**·Arquiduquesa Assunta, Sra. Joseph Hopfinger**·Isabel, Condessa de Waldburg-Zeil**·Hedviges, Condessa de Stolberg-Stolberg**·Gertrudes, Condessa de Waldburg-Zeil-Trauchburg**·Arquiduquesa Maria Isabel**·Arquiduquesa Inês**·Arquiduquesa Margarida, Sra. Alexander Cech·Helena, Duquesa de Meclemburgo·Arquiduquesa Ana Teresa·Arquiduquesa Maria Kynga, Sra. Joachim Krist
16ª Geração
Arquiduquesa Adelaide·Carlota, Duquesa de Mecklenburg·Isabel, Princesa Henrique do Liechenstein·Isabel, Nobre Hubert von Braun**·Alice, Baronesa Vittorio Manno**·Maria Antonieta, Baronesa de Proff in Irnich**·Arquiduquesa Marie Cristina**·Arquiduquesa Walburga, Sra. Carlos Tasso**·Arquiduquesa Verena**·Arquiduquesa Catarina, Sra. Roland Huber**·Inês, Baronesa Peter de Fürstenberg**·Maria Ileana, Condessa Adam Kottulinski**·Alexandra, Baronesa Viktor de Baillou**·Maria Madalena, Baronesa de Holzhausen**·Arquiduquesa Isabel, Sra. Friedrich Sandhofer**·Inês, Princesa Carlos Alfredo do Liechenstein**·Arquiduquesa Maria Margarida**·Arquiduquesa Ludovica**·Arquiduquesa Alice**·Josefa, Condessa Clemens de Waldstein-Wartenberg**·Valéria, Margravina de Baden**·Alberta, Baronesa Alexander de Kottwitz-Erdödy**·Teresa, Princesa Rasso da Baviera**·Maria Imaculada, Condessa Reinhart de Hoensbroech**·Arquiduquesa Mónica, Sra. Charles de Rambures·Arquiduquesa Maria Cristina, Sra. Raymond van der Meide·Arquiduquesa Maria, Sra. Wilhelm de Witt·Margarida, Condessa Benedikt of Piatti
17ª Geração
Andreia, Condessa hereditária de Neipperg·Mônica, Duquesa de Santángelo·Micaela, Condessa Hubertus de Kageneck·Arquiduquesa Gabriela, Sra. Christian Meister·Walburga, Condessa Archibald Douglas·Maria Beatriz, Condessa Riprand de Arco-Zinneberg***·Isabel, Condessa Andrea Czarnocki-Lucheschi***·Maria del Pilar, Nobre Vollrad-Joachim von Poschinger·Kinga, Baroneas Wolfgang de Erffa·Arquiduquesa Marie Adelaide, Sra. Jaime Corcuerra·Arquiduquesa Viridis, Sra. Karl Dunning-Gribble·Arquiduquesa Alexandra, Sra. Héctor Riesle·Maria Constança, Princesa de Auersperg-Trautson·Maria Ana, Princesa Peter Galitzine·Catarina, Condessa Maximiliano Secco d'Aragona·Arquiduquesa Isabel, Sra. James Litchfield·Sofia, Princesa de Windisch-Grätz·Arquiduquesa Maria Cristina, Sra. Clemens Guggenberg·Arquiduquesa Maria Bernardete, Sra. Rupert Wolff**·Arquiduquesa Catarina, Sra. Niall Brooks**·Arquiduquesa Alicia**·Arquiduquesa Maria Cristina**·Arquiduquesa Margarida, Sra. Andreas Baumgartner**·Arquiduquesa Maria Valéria, Sra. Martin Josef Wagner**·Arquiduquesa Hedviges**·Arquiduquesa Verónica**·Arquiduquesa Joana·Arquiduquesa Isabel·Arquiduquesa Celina·Arquiduquesa Maria Floriana·Arquiduquesa Sofia·Arquiduquesa Ana Carolina·Arquiduquesa Teresa·Arquiduquesa Sofia·Arquiduquesa Ladislaya
18ª Geração
Arquiduquesa Leonor·Arquiduquesa Glória·Arquiduquesa Sofia·Arquiduquesa Hilda·Arquiduquesa Maria Laura***·Arquiduquesa Luísa Maria***·Arquiduquesa Letícia Maria***·Arquiduquesa Sofia·Arquiduquesa Maria Teresa·Arquiduquesa Margarida·Arquiduquesa Priscilla·Arquiduquesa Maria das Neves·Maria Cristina, Condessa Rodolphe de Limburg-Stirum·Arquiduquesa Gabriela·Arquiduquesa Antónia·Arquiduquesa Isabel·Arquiduquesa Carlota·Arquiduquesa Paulina·Arquiduquesa Lara·Arquiduquesa Tatiana**·Arquiduquesa Anabela**·Arquiduquesa Tara**
19ª Geração
Arquiduquesa Zita·Arquiduquesa Anežka
também infanta de Espanha *também princesa da Toscânia **também princesa da Modena