Ege Üniversitesi Doğa Tarihi Müzesi, Ege Üniversitesi'nde bulunan bir doğa tarihimüzesidir. Müze, 1973 yılında kurulmuş olup Ege Üniversitesi kampüsünde, Fen Fakültesi'nin yanında yer almaktadır. 1973-1991 yılları arasında fakültenin enstitüsü olarak hizmet vermiştir. 1991 yılından sonra rektörlüğe bağlı bir alt birim haline gelmiştir.