Nella stagione 2002-2003 il Mantova disputa il girone A del campionato di Serie C2, con 56 punti si piazza in quarta posizione, partecipa ai play-off, venendo eliminata dal Südtirol nel doppio incontro di semifinale, salgono di categoria il Pavia giunto primo con 70 punti in classifica ed il Novara che ha vinto i play-off. La stagione dei virgiliani inizia con il confermato Roberto Boninsegna in panchina, nel girone di andata si piazza in terza posizione con 25 punti, ma nettamente staccati dalla coppia Novara e Pavia. Il girone di ritorno vede il cambio di allenatore, con Mirko Benevelli coadiuvato da Antonio Bogoni, che riprende le redini del Mantova e lo traghetta al quarto posto finale con 56 punti, nel ritorno quindi raccoglie 31 punti. Nella semifinale dei playoff cede nel doppio confronto al Sudtirol di Attilio Tesser. Con 16 reti il miglior marcatore biancorosso è Gabriele Graziani. Nella Coppa Italia di Serie C il Mantova disputa senza fortuna il girone D di qualificazione, pareggia con Trento, Montichiari e Lumezzane, mentre perde (3-1) a Bolzano con il Sudtirol che passa ai sedicesimi.
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