Nella stagione 2011-2012 dopo la promozione della stagione precedente in Serie D, con il ritorno tra i professionisti, il Mantova ha vissuto una stagione difficile, trascorsa sempre nella parte bassa della classifica, nel girone A del campionato di Seconda Divisione. La salvezza è arrivata solo ai Play-out, dopo aver superato nei doppi confronti il Lecco e la Vibonese. Come spesso accade nelle stagioni complicate, ci sono stati tre tecnici che si sono alternati sulla panchina virgiliana, facendo trovare almeno la squadra biancorossa pronta nel momento topico degli spareggi salvezza, centrando almeno l'obiettivo stagionale della permanenza in Seconda Divisione. Nella Coppa Italia di Lega Pro il Mantova disputa il girone C di qualificazione, senza ricavarne troppe soddisfazioni, due pareggi uno esterno con il Sudtirol (0-0) e l'altro interno con la Cremonese (2-2), il girone C ha promosso alla seconda fase Cremonese e Lecco.
Per questa stagione il Mantova utilizza le divise presentate in occasione del centenario durante la passata stagione. La prima maglia diventa però quella bianca, mentre la rossa resta la divisa da trasferta; la maglia celeste viene relegata a terza scelta e spesso usata dai portieri
A fine stagione la società Mantova Football Club aveva un capitale sociale di 200.000 euro detenuto da Bruno Bompieri (presidente) 20%, Famà 20%, Giovanardi 12%, Mantova United soc. coop. 10%, Tirelli 10%, Savoia 10%, Bianchi 7%, Levoni 5%, Mondovì 3%, Ruberti 3%, Cecchin 2%, Sossi 2%, Mazzoli 1%.
^Giornata spostata al 25 aprile 2012, in segno di lutto per l'improvvisa scomparsa di Piermario Morosini del Livorno, nel corso della partita di Serie B Pescara-Livorno del 14 aprile 2012.
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