Była prawdopodobnie najwyższą grającą zawodowo koszykarką na świecie (jej wzrost podawany w mediach wahał się od 213[3] do 218 cm[4]) oraz najwyższą zawodniczką w historii WNBA, w której była znana jako „Margo”. Karierę sportową zakończyła w 2008[5].
Grę w koszykówkę rozpoczęła w „Huraganie” Wołomin[7]. Od 1992 była zawodniczką Olimpii Poznań, z którą zdobyła dwukrotnie mistrzostwo Polski (1993, 1994) oraz trzecie miejsce w finale Pucharu Europy w 1994. Zagrała również z tą drużyną w finale Pucharu Ronchetti w 1993. W latach 1994–1996 grała we francuskim Valenciennes-Orchies, z którym zdobyła wicemistrzostwo Francji a następnie występowała w zespole Pool Getafe Madryt (1996–1998), z którym grała w finale Pucharu Europy (1998) oraz dwukrotnie zdobyła mistrzostwo Hiszpanii (1997 i 1998). W 1998 wróciła do Polski, do 2005 grała w klubie Lotos Gdynia (występującym pod różnymi nazwami – kolejno Polpharma VBW Clima, Lotos VBW Clima, Lotos Gdynia). Siedmiokrotnie zdobyła z gdyńskim klubem mistrzostwo Polski (1999–2005), grała z nim także dwukrotnie w finale Pucharu Europy (2002, 2004). W sezonie 2005/2006 opuściła Gdynię i przeniosła się do UMMC Jekaterynburg (Rosja), a następnie do Ros Casares Walencja (Hiszpania), z którym w sezonie 2006/2007 została wicemistrzynią Euroligi oraz wicemistrzynią Hiszpanii.
Od 1998 do 2008 grała w zawodowej lidze WNBA, debiutując w zespole Utah Starzz (wybrana z pierwszym numerem draftu WNBA w 1998). Występowała tam (klub w 2003 zmienił nazwę na San Antonio Silver Stars) przez 7 lat. Na początku 2005 roku została oddana do Connecticut Sun, z którym zdobyła wicemistrzostwo ligi (2005) i skąd odeszła po sezonie 2007. W sierpniu 2008 podpisała kilkutygodniowy kontrakt z Los Angeles Sparks.
W 2006 i 2007 została wybrana do drugiej drużyny najlepiej broniących zawodniczek ligi (WNBA All-Defensive Second Team).
W ciągu 11 sezonów (323 mecze) zdobyła 3220 punktów (średnio 10 na mecz) i miała 2143 zbiórek (6,6). W 24 występach posezonowych uzyskała średnie 8,3 punktu, 6,5 zbiórki oraz 2,46 bloku na mecz.
Debiutując w WNBA (11 czerwca 1998 przeciwko Los Angeles Sparks) zablokowała 6 rzutów, wyrównując rekord ligi należący do jej bezpośredniej tego dnia przeciwniczki, Lisy Leslie. W meczu z Detroit Shock (17 lipca) poprawiła ten wynik o 2 bloki, a dwadzieścia dni później przeciwko Cleveland Rockers ustanowiła 9 blokami nowy rekord, który przetrwał do 2001 roku.
Jest liderem wszech czasów WNBA w liczbie bloków (877) oraz druga na liście wszech czasów pod względem średniej bloków na mecz (2,72). Do 2014 była współrekordzistką ligi w liczbie zablokowanych rzutów w jednym meczu – 10, którą osiągnęła 7 czerwca 2001 w barwach Utah Starzz w meczu przeciwko Orlando Miracle. Zanotowała wówczas drugie w historii ligi triple-double, dodając do bloków 12 punktów i 11 zbiórek. W 1998 miała rekordową liczbę bloków (114) w jednym sezonie i najwyższą średnią liczbę bloków na mecz (3,80) w jednym sezonie. Oba te wyniki zostały poprawione przez Brittney Griner w – odpowiednio – w 2014 i 2015.
Małgorzata Dydek wystąpiła dwukrotnie w Meczu Gwiazd ligi WNBA (WNBA All-Star Game).
W 2003 jako zawodniczka San Antonio Silver Stars zagrała w drużynie Zachodu. Podczas 8 minut spędzonych na boisku zdobyła 2 punkty i zanotowała 2 zbiórki (miała też przechwyt i stratę). Zachód pokonał Wschód 84-75.
W 2006 wybrano ją do pierwszej piątki Wschodu. Oprócz niej cztery inne zawodniczki Connecticut Sun znalazły się w kadrze na mecz. Jej drużyna pokonała Zachód 98–82, a polska środkowa w 18 minut zapisała na swoim koncie 3 punkty, 9 zbiórek, 4 bloki i jeden przechwyt (także stratę i faul).
Jako juniorka była brązową medalistką mistrzostw Europy (1992) i mistrzostw świata (1993).
Z reprezentacją Polski seniorek grała czterokrotnie na Mistrzostwach Europy (1993 – 5 miejsce, 1999 – 1 miejsce, 2001 – 6 miejsce, 2003 – 4 miejsce), raz na Igrzyskach Olimpijskich (w Sydney – 8 miejsce), raz na mistrzostwach świata (1994 – 13 miejsce).
Debiutowała w I reprezentacji w oficjalnym meczu 8 czerwca 1993 z Hiszpanią (w turnieju finałowym ME), rzucając 15 pkt. Ostatni raz zagrała o punkty 21 września 2007 ze Słowacją w meczu eliminacyjnym do ME 2007, rzucając 21 pkt.
Łącznie w latach 1993–2003[a] zagrała 132 razy w drużynie narodowej, zdobywając 1783 pkt.
Po ukończeniu kariery zawodowej w 2008 pracowała jako trenerka w klubie Northside Wizards z Brisbane[8].
Jej mężem był Anglik David Twigg, z którym miała dwóch synów[9]. Jej siostry: Marta Dydek i Katarzyna Dydek – również zajmują się koszykówką, jedna z nich jest trenerką drużyny koszykówki INEA AZS.
Od dziecka cierpiała na arytmię serca[8], 19 maja 2011 została wprowadzona w stan śpiączki farmakologicznej[10] w związku z zatrzymaniem akcji serca, do której doszło w jej domu, w australijskim mieście Brisbane. Koszykarka zmarła po tygodniu w szpitalu w Brisbane. Była w czwartym miesiącu ciąży, zmarło też jej nienarodzone dziecko[8]. Według opinii lekarzy z Brisbane przyczyną zgonu było zatrzymanie akcji serca o niewyjaśnionym podłożu, zaś nie przyczyniła się do tego arytmia serca, którą Małgorzata Dydek miała stwierdzoną w stopniu średnim[11].
17 czerwca 2011 odbył się jej pogrzeb. Urna z jej prochami została złożona na cmentarzu w podwarszawskich Ząbkach[12].
W dniach 22–24 czerwca 2012 w hali Ośrodka Sportu i Rekreacji „Huragan” w Wołominie odbył się I Międzynarodowy Młodzieżowy Memoriał Małgorzaty Dydek[7]. 3 września 2012 w Wołominie jej imieniem nazwano rondo drogowe[13].
Od 2023 jest patronką Szkoły Podstawowej nr 6 w Ząbkach[14].
W marcu 2019 ogłoszono, że Małgorzata Dydek pośmiertnie w tym samym roku zostanie przyjęta do Galerii Sław FIBA[15].
Bogdan Tuszyński, Henryk Kurzyński; Od Chamonix i Paryża do Vancouver. Leksykon olimpijczyków polskich 1924–2010, wyd. Fundacja Dobrej Książki, b.m. i d.w