Przez lata jej istnienie było przedmiotem dyskusji. Początkowo jej postać łączono z męskim królem Semenchkare. W 1988 r. James Allen opublikował artykuł, w którym wykazał, że Semenchkare i Neferneferuaton to dwie różne osoby. Kolejny przełom nastąpił w 1998 r., kiedy Marc Gabolde dowiódł, że niektóre kartusze Neferneferuaton zawierają epitet użyteczna dla swego męża, co ostatecznie potwierdziło kobiecą płeć faraona[1].
Poświadczeniem panowania Neferneferuaton jest hieratyczne graffito z grobu Pairi (TT139). Tekst datowany jest na rok 3, czwarty miesiąc pory peret, dzień 3[2]. Jest to najwyższa znana data z czasów jej panowania. Jej rządy były zatem krótkotrwałe – panowała niecałe 3 lata. Graffito w wielu miejscach wymienia imię Amona, wspomniana jest także świątynia Anchcheperure w Tebach. Świadczy to o zbliżeniu z Tebami i wznowieniu kultu Amona w czasach panowania kobiety-faraona.
Nieznane jest miejsce pochówku królowej Neferneferuaton. Wiadomo jednak, że niektóre przedmioty należące do jej wyposażenia grobowego zostały wykorzystane przy pochówku Tutanchamona. Nicholas Reeves ocenia, że prawie 80% wyposażenia grobowego Tutanchamona pochodzi z dóbr grobowych należących do kobiety-faraona, w tym jego złota maska, środkowa trumna, urny kanopskie, złocone panele, figurki uszebti, skrzynie czy królewska biżuteria[3]. Oznacza to, że grób Neferneferuaton został sprofanowany po śmierci Tutanchamona lub też nigdy nie została ona pochowana jako król[4].
Kandydatura Nefertiti została wysunięta w 1973 r. przez J.R. Harrisa[5]. Na jej związek z Neferneferuaton wskazuje zbieżność jej imienia, które jako pełne imię królowej brzmiało Neferneferuaton-Nefertiti. Stała się więc ona naturalną kandydatką. Pozostałości malowanego tynku noszącego królewskie imiona Neferneferuaton, znalezione w Pałacu Północnym w Amarnie i uważanego za rezydencję Nefertiti, wspierają tę identyfikację[6]. Nefertiti odgrywała znaczącą rolę w czasie panowania Echnatona. Ukazywana była niekiedy w scenach zastrzeżonych dla władcy, np. w scenie gromienia wrogów Egiptu. Niedawne odkrycie hieratycznej inskrypcji wymieniającej imię królowej w 16 roku panowania Echnatona, wskazuje, że pod koniec panowania męża Nefertiti wciąż żyła i nosiła tytuł Wielkiej Królewskiej Małżonki. Wskazuje to na samodzielne rządy Neferneferuaton po śmierci Echnatona.
Kandydaturę Meritaton zaproponował w 1973 r. Rolf Krauss. Na tę możliwość wskazuje Manethon, który w swoim dziele Aegyptiaca wymienia postać władczyni o imieniu Akencheres, która miała wstąpić na tron po śmierci swego ojca Orosa, utożsamianego z Echnatonem[7]. Miała panować 12 lat i 1 miesiąc, co po korekcie może odpowiadać 2 latom panowania Neferneferuaton. Przeciwko tej teorii świadczy jednak fragment skrzynki z grobu Tutanchamona, który wymienia Echnatona, Neferneferuaton oraz Meritaton jako trzy różne osoby[8].
Jako kandydatka bywa też czasem wysuwana czwarta córka Echnatona o imieniu Neferneferuaton-Taszerit. Poważną przeszkodą jest tu jednak wiek księżniczki, która w momencie śmierci Echnatona miała prawdopodobnie 10 lat, a więc była zbyt młoda.